左宗棠在清王朝四面楚歌及风雨飘摇的情况下，依然能够收复新疆，这是非常不容易的。可以说，这是左宗棠在克服了众多的艰难困苦，顶住了朝廷内外反对势力的打击后，终于完成的一项伟大壮举。而这一壮举，其意义是十分重大的，对后世产生的影响是十分明显的。那么，左宗棠收复新疆，究竟有什么样的意义呢？
其一，维护了国家统一。
清政府当时在和列强作战的过程中，不断地割地赔款，失去了不少领土，领土早已不完整。
不过，清政府虽然领土早已不完整，当时却还能够保持国家统一。
太平天国运动轰轰烈烈经过十多年，最终还是被清政府给扑灭了，国家的统一，得到了维护。后来，西北这一块更加活跃，不但爆发了捻军起义，还爆发了回民暴乱。接着，又是阿古柏撺掇新疆部分人独立。
左宗棠率领清军，在平定了捻军及回民暴乱的情况下，一鼓作气打败阿古柏，收复了新疆，再一次维护了国家的统一，让清王朝虽然残破，但是并没有进入四分五裂的局面。
其二，增强了执政信心。
一个王朝进入晚期，都会爆发大规模的农民起义。而当农民起义爆发的时候，各地诸侯都会借剿灭农民起义为由，招募人才，拉起队伍，拥兵自重。也因此，国家将在这个时候进入分裂，进入乱世。然后，各地诸侯会为了争夺权力，互相残杀不断。这种残杀，往往会延续几十年，乃至数百年的时间。比如秦末经历了数年，三国经历了四十年，五代经历了半个世纪。而西晋之后的东晋及南北朝乱世，则经历了数百年。
可是，清朝的情况有些不一样。清朝在经历了太平天国、捻军及回民暴乱这样的农民起义以后，事实上整个清朝内部，诸侯们搞拥兵自立的情况，几乎没有。无论是曾国藩，还是李鸿章、左宗棠，都没有拥兵自立，整个国家还是一个团结的国家。
而阿古柏算得上是在边关地区拥兵自立的。虽然阿古柏当时并不完全是清朝人，但是他所领导的部下，大多数是清朝境内的人。所以，也算得上是新疆这个地区在闹独立。
左宗棠率领清军战败了阿古柏，逼迫他自杀，从而收复新疆。这就把唯一想“拥兵自立”的苗头给掐断了。可以说，左宗棠这样做，极大地增强了清政府的执政信心，让清政府以及全国各地的人士明白，当时的清政府虽然不断遭受列强的欺凌，但是，对于控制全国，还是很有能力的。
其三，遏制了民族分裂。
新疆阿古柏的作乱，正是当时民族分裂分子非常活跃的表现。
一个国家内的民族分裂分子，往往会打着维护自己民族利益的旗号，煽动民族情绪，鼓动民族闹事，以达到自己做大当头领，攫取利益，扬名立万的目的。
在晚清时期，一方面，当时正是民族分裂情绪在全世界开始抬头的时候。另一方面，又因为满清政府作为满人入主中原，最终却把中国治理得很乱，因此，民族情绪不仅仅在边关少数民族那里产生，在汉人那里也有抬头。
显然，民族分裂情绪是非常不利于维护国家统一的。如果纵容这种情绪的蔓延，各地各民族都会跟着学。很快，国家就会陷入四分五裂之中，原本一个统一的多民族国家，就会在民族分裂分子的骚乱下解体。
事实上，当时不仅仅阿古柏代表的那一部分塔吉克族在闹所谓的“民族独立”，由于清朝的控制力减弱，包括蒙古在内的不少民族都有这样的情绪蔓延。
而民族分裂分子，往往又会得到获得外国势力的大力支持。当时阿古柏就得到了英帝国的积极支持。而沙俄却借口清政府无法控制民族分裂势力，出兵占领清朝的伊犁，说什么要帮助清朝控制阿古柏，实际上是为了侵占清朝的领土。
所以，左宗棠积极行动，坚决打击阿古柏等分裂势力，收复新疆，让新疆回到中国的怀抱，这就有力地回答了国内以及国际上的民族分裂分子，别试图趁列强入侵中国的机会，搞小动作。这样做，是不会有好下场的。
当左宗棠收复新疆，并在新疆设“省”后，新疆此后就保持了较好的稳定。左宗棠带来的这种福荫，可以说，一直庇护到今天。
（参考资料：《清史稿》）