1月23日，有学者发文质疑“新型冠状病毒流行源自蛇”的结论称，这好比一个人从武汉出发去北京，如果中间必须转一次车，有人竟然建议他到贵阳去转车。这不是好的选择。
“蝙蝠是哺乳动物，果子狸和骆驼也是哺乳动物，人也同样是哺乳动物。也就是说，SARS和MERS病毒的传递是在哺乳动物之间进行的。但蛇不是哺乳动物。”科学媒体“知识分子”商周专栏23日发表文章称。
22日，北京大学、广西中医药大学、宁波大学、武汉生物工程学院的研究人员联合发表论文称，同义密码子使用偏向（RSCU）分析数据显示，新型冠状病毒的流行可能源自蛇，蛇是野生动物中蓄留前述病毒的最可能的“水库”。
前述商周专栏文章称，RSCU分析并不适合用来研究冠状病毒的宿主。“所以作者的结论也就大有问题。”
国家卫生健康委员会高级别专家组成员、中国疾病预防控制中心流行病学首席科学家曾光22日晚在接受封面新闻记者专访时也表示，新型冠状病毒的来源“应该是哺乳动物”。而蛇是爬行动物。
“海鲜市场里存在违法贩卖野生动物，但是一封闭市场，这些人把这些动物都拿跑了，没有得到进一步的证据，到底是哪种动物？”曾光称。
“知识分子”前述专栏文章质疑称，中间宿主的确定，需要实验证据。“遗憾的是，该文的作者没有去做任何一点，仅凭一些简单的生物信息学分析就得出 ‘武汉新型冠状病毒很可能是蛇传给人’ 的结论。同样遗憾的是，《医学病毒学杂志》居然发表了这样一篇存在漏洞的论文。”
该文章称，“如果有人依然认为蛇就是这个病毒的中间宿主，需要提供什么样的证据呢？
首先，需要证明蛇身上有这种病毒。
其次，需要证明这种病毒能够在蛇体内生长繁殖。
最后，需要证明从蛇身上提出来的病毒有致病性（比如用猴子做测验）。”
该专栏文章称，“首先在方法上，作者分析各种动物所采用的密码子的数量很不相同，有的动物用了几千万个，而有的动物只用了几万个。这样的分析可能会导致偏差。”
“假设作者把SARS和MERS病毒以及他们的中间宿主（果子狸和骆驼）也加进来做这个分析，一个可预测的结果是：SARS和MERS病毒在同义密码子使用偏向上最为相似的同样是蛇，而不是果子狸和骆驼。”
遭到质疑的论文标题为《新型冠状病毒纤突蛋白的同源重组可能促进了从蛇到人的跨物种传播》，22日在线发表在英文学术期刊《医学病毒学杂志》（Journal of Medical Virology）上。
研究人员使用RSCU方法，对新型冠状病毒的基因序列进行了分析，并与蛇、蝙蝠等不同物种动物的“距离”进行比较。
该论文称，使用的蛇是Bungarus multicinctus（银环蛇）和Naja Atra（中华眼镜蛇）。这两种蛇要么在中国中部和南部有自然分布，要么在武汉市华南海鲜城有销售。
数据显示，新型冠状病毒与两种蛇的“平方欧氏距离”都小于14，但与蝙蝠的大于24，是27.47。
该论文称，“这些数据表明，与其他动物相比，新型冠状病毒2019-nCoV能更有效地使用蛇的翻译机制，也意味着新型冠状病毒的流行可能源自蛇。”蛇是野生动物中蓄留前述冠状病毒的最可能的“水库”。
该论文表示，前述两种蛇要么在中国中部和南部有自然分布，要么在武汉市华南海鲜城有销售。蛇是冷血动物，温度比人类低，因此，当感染人类时，新型冠状病毒可能会减弱。但是人们担心它的适应性。
RSCU的全称是“同义密码子相对使用度”（或使用偏向、使用频率、使用偏倚，relative synonymous codon usage）。它是指同一基因序列在编码某一个氨基酸时，对同义密码子使用的偏好（偏倚）程度。
两种或三种不同排列的基因序列可能对应着同一氨基酸，这些不同的基因序列被称为同义密码子。
不同物种对前述基因排列的偏好程度有差异。
23天前，2019年12月30日，湖北省武汉市聚集性不明原因病毒性肺炎的消息传出。疫情最早发生地为武汉华南海鲜城，海鲜城内实际存在大量野味交易。
2020年1月7日，病原体初步判定为新型冠状病毒，经测序，获得其全基因组序列。随后，在网上公布。这是一种RNA单链病毒。
1月20日晚间，国家卫健委高级别专家组组长、中国工程院院士钟南山在接受采访时表示，根据流行病学分析，此次新型冠状病毒来源很大可能是野生动物，比如竹鼠、獾等。
22日上午，中国科学院院士、中国疾病预防控制中心主任高福在国务院新闻办新闻发布会上表示，前述新型冠状病毒的来源是武汉当地一家海鲜市场非法销售的野生动物。
22日上午，北京大学保护生物学教授、自然保护与社会发展研究中心执行主任吕植公开发布建议称，呼吁国家林草局和各地野生动物主管部门及执法部门负起责任，主动作为，及时行动。她表示，吃野味是陋习，事关公共安全。
1月21日11:49，中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的英文学术期刊《中国科学》的微信公众号发布消息称，中国学者发表最新研究论文，通过模拟计算病毒S蛋白的结构，分析了武汉新型冠状病毒的进化来源。该论文称，如同导致2002年“非典”的SARS冠状病毒一样，武汉新型冠状病毒的自然宿主也可能是蝙蝠，而且，从蝙蝠到人的传染过程中很可能存在未知的中间宿主媒介。这一研究成果预测了武汉冠状病毒有很强的对人感染能力。