本赛季中超联赛争冠组的比赛，马宁引起了争议，尤其在山东鲁能对阵北京国安的比赛里，他作为VAR裁判主动提醒韩国裁判“纠错”的做法引起了争议。
上港对阵申花，马宁给了佩雷拉的球队一个点球，也引发了申花球迷的不满。一位叫做“阿弥陀佛-呵呵哒”的微博用户晒出了自己实名举报马宁的截图，利用是马宁的论文存在一稿多发的情况，被认为是学术不端！
马宁是中超赛场上的名哨，也是足协重点培养的名哨，自从出道以来，马宁在中超赛场上执法了很多关键比赛，但是关于他的争议也非常多。鲁能对阵国安的比赛里，当段刘愚为鲁能打入第2球后，韩国裁判判罚进球有效，国安球员投诉鲁能的格德斯此前有犯规，而马宁身为视频裁判提醒韩国裁判看VAR回放，结果鲁能的进球被取消，引发了轩然大波，很多球迷认为这是黑哨，马宁也成为了鲁能球迷泄愤的对象。
国安队和鲁能队的首回合比赛结束后，沈寅豪被发现论文抄袭的情况，鲁能球迷没有发现马宁存在同样的情况，但是这位叫做“阿弥陀佛-呵呵哒”的网友却在微博上贴出了自己举报中超名哨的网站截图。
这位网友表示，马宁的论文存在一稿多发的情况，2006年，马宁曾经发布一篇名为“浅析在高校推广健美操的必要性”的论文，当时他发布在了科教信息上。不过到了2007年，马宁又发布了类似论文，内容存在较大的一致性。
因此，这位举报马宁的网友认为，“行为明显属于一稿多发，重复发表,属严重的学术不道德，学术不端。”这位网友还表示，希望对马宁的行为进行查处。
值得一提的是，在鲁能和国安队的争议比赛后，足协还未对此发声，而面对这样大的争议，足协选择做木头人，的确是罕见！