美媒:美国新冠病毒基因测序落后,许多数据来自几个月前

(观察者网 讯)新冠疫情在美国暴发以来,特朗普政府各应对措施广受批评。近期,变异新冠病毒病例出现在美国后,美媒注意到国内疫情应对的又一大缺陷——病毒基因测序。

美国有线电视网(CNN)1月11日撰文指出,根据病毒数据库GISAID,美国不论是在病毒基因测序的比例上,还是速度上,都落后于很多国家。许多医疗资源落后于美国的国家,如孟加拉、苏里南和斯里兰卡,处理病毒样本的速度都比美国快。

CNN:美国抓取的很多最新新冠病毒毒株数据,来自于几个月前

对此,医学专家认为这“很可悲”,并可能造成新病毒变种在人群中的广泛传播,政府却对此毫不知情。并且,专家们还担心,这可能造成疫苗失效。

样本处理速度上,美国低于苏里南

GISAID数据显示,在从患者身上收集、分析并发布病毒样本的速度方面,美国需要85天,排名世界第61位。许多医疗资源少得多的国家,包括孟加拉国、斯里兰卡和苏里南,处理样本的速度比美国快。

对于美国病毒基因测序方面的落后,贝勒医学院(Baylor College of Medicine)病毒学家彼得·霍特兹(Peter Hotez)博士说:“这很可悲。当你需要等待85天的时候,一个基因序列可能已经从一种罕见的变异,变成在一半人群中流行的病毒。”

美国疾控中心流感部前主任南希·考克斯(Nancy Cox)也表示:“当许多国家都在做得更好,明显更好时,我认为这告诉我们,美国应该齐心协力。”

疾控中心先进分子检测办公室主任格雷戈里·阿姆斯特朗(Gregory Armstrong)博士则辩解说,GISAID上的数据有延后,因此具有“误导性”,但他也承认美国在病毒基因测序上“仍需改进”。

去年12月,洛杉矶一处新冠病毒检测点 澎湃影像图

阿姆斯特朗解释说,在美国,疾控中心的实验室、国家卫生部门、私人公司和大学都在向GISAID提交序列。“当然,这并不意味着检测周转时间(TAT,指标本采集到实验室接收标本的时间)不重要。”

但CNN指出,美国在病毒基因测序上为人诟病,并不仅仅是因为时间上的拖延。考虑到病毒在美国的“猖獗程度”,美国基因测序的案例实在太少。

根据GISAID数据,美国已经绘制并发布了近7万名新冠病毒感染的样本,这一数字仅次于英国的15万。然而,美国的新冠病例比其他任何国家都多,目前已超过2200万例,远超世界其他国家。

因此,从测序数量的比例来看,美国出现了不足。根据GISAID数据,美国每1000例病例内,只公布2.8个基因序列,落后于34个国家。从绝对比例来看,美国基因测序的病例,只占总病例的约0.3%,排名世界第43位。

GISAID最新数据综合排名:美国每千病例的测序病例为2.78人,检测时间中位数为84天

去年年底,美国每周大约对3000个样本进行测序。今年年初,美国疾病控制与预防中心制定了一个目标,在两周内,美国实验室发布的样本数量应该增加到每周6500个。

阿姆斯特朗说,1月2日至8日的那一周,美国的实验室进行了10619份样本的测序,但其中只有1001份,于过去4周内采集。

对此,考克斯悲观地表示:“难道我们必须要在所有有关新冠肺炎疫情的事中垫底,或接近垫底吗?我知道我们本可以做得更好,但却没有做得更好,这真的很令人沮丧。”

专家:基因测序是关键,可能影响疫苗

哈佛大学公共卫生教授威廉·哈瑟丁(William Haseltine)1月8日在福布斯上撰文指出,基因测序是识别病毒变异的关键,若测序不力,无法识别出新的毒株,那么不仅前景可怕,疫苗的使用和推广也会受到影响。

哈瑟丁科普称,基因组测序本质能够获取DNA分子化学的碱基顺序。科学家利用这些序列来识别基因、监控指令,而在新冠病毒的案例下,能够识别病毒突变。本次疫情早期的测序工作,帮助科学家们确定了病毒的结构,让人们意识到这种病毒具有足够的传染性。而近期,测序工作也帮助人们识别了英国和南非出现的两种变异病毒。

近一年来,新冠基因组学盟(Covid-19 Genomics Consortium)一直在跟踪病毒的变化,记录了超过15万个病毒样本。

但是在美国,基因测序工作却非常滞后。美国已经出现来自英国和南非的新毒株,这种传播性表明,涉及这些变异病毒的病例已经非常普遍。但美国缺乏基因组测序,使得变异逃避监控。

哈瑟丁指出,病毒在每次传播到新的宿主时都可能发生变异。全世界有数千万的记录病例,因此可能还有隐藏的新毒株没有被发现。一些估计显示,仅在美国,就有15-20%的美国人感染了新冠病毒,这使得美国病例衍生出一种新的变种,成为可能的情况。如果本土变异存在的话,这可能有助于解释最近在假日季节观察到的新冠病例激增。

一种更具传染性的毒株在美国蔓延的前景已经够可怕的了,但如果有足够多的变异,一种毒株可能会使目前的疫苗无效,这就是为什么必须加强寻找这些新毒株努力。如果部分人群具有新冠疫苗耐药株,国家公共卫生机构就必须识别他们,并在此基础上继续疫苗研究。

最后,哈瑟丁表示,疫苗分发目前已开始推进,生活可能将在2021年恢复正常,但相反的情况也可能发生。美国和全世界都必须加强病毒基因的测序,识别和分离新毒株。否则,人类依旧将面临非常漫长的一年。

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