从三藩之乱平定后，尚之信和王辅臣的结局来看，即使耿精忠在镇守福建期间没有怀二心，康熙皇帝还是会杀掉耿精忠。
对于一个帝王而言，没有什么比建立统一王朝再重要的事情。
更何况，耿精忠的存在实实在在影响到了清王朝的统一。
在三藩之乱时期，耿精忠是仅次于吴三桂的“造反积极派”。吴三桂起兵造反后，耿精忠立刻起兵响应吴三桂。
虽然在耿精忠起兵之后，王辅臣也杀死山陕总督莫洛起兵。不过王辅臣在反叛后不久便主动投降，而耿精忠却一直坚持到1676年，还在投降前杀害了康熙皇帝的重臣范承谟。如果不是康熙皇帝大兵压境，郑经又在后面偷袭耿精忠，耿精忠肯定不会投降康熙皇帝。
相比之下，三藩之中的尚可喜就要比耿精忠稳健的多，在三藩之乱前期，尚可喜还帮着康熙皇帝平叛。
后来尚之信发动叛乱，夺取了尚可喜的兵权，尚可喜才在尚之信的胁迫下起兵。然而尚之信只叛乱了不到一年的时间，就因为康熙皇帝大军压境举手投降。
尚之信投降之后，一直帮着康熙皇帝打吴三桂，康熙皇帝还在尚可喜病死的时候给了尚可喜“敬”的谥号。而耿精忠投降之后一直蛇鼠两端，让康熙皇帝对其痛恨不已。
在1676年耿精忠第一次投降的时候，康熙皇帝就想要把耿精忠处死。只不过三藩之乱还没有平定，为了避免尚之信和吴三桂狗急跳墙，康熙皇帝只能暂时压住怒火，让耿精忠继续镇守福建。耿精忠投降康熙皇帝之后，仍然想要保全自己福建的地盘，对康熙皇帝的命令阳奉阴违。康熙皇帝的重臣纳兰明珠在给康熙皇帝的奏折中就曾经说道：“耿精忠这个人投降之后还反复无常，比尚之信可恨数倍。”
1680年三藩之乱基本平定，康熙皇帝对待降将的态度也从拉拢转变为清算。1680年康熙皇帝下旨逮捕了尚之信和耿精忠，将两人押解到京城审讯。同年康熙皇帝下旨赐死了尚之信，但是却没有处理耿精忠。康熙皇帝没有处理耿精忠，主要是考虑到了耿精忠驻守的福建是抵御郑经的重要桥头堡，康熙皇帝还需要依仗着耿精忠的残部来对付郑经。
然而康熙皇帝并没有打算放过耿精忠，从1680年开始，耿精忠就一直被软禁在北京，被处死只是时间的问题。同为三藩降将的王辅臣看到了尚之信和耿精忠的下场，在1681年自尽而亡，保全了自己的家人。而耿精忠一直被关押到1682年，1682年三藩之乱平定，大臣们在康熙皇帝的授意下，纷纷上书请求处死耿精忠。
最终康熙皇帝下诏将耿精忠凌迟处死，耿精忠的党羽也都被牵连诛杀。
因为耿精忠的祖父耿仲明对清朝有功，耿精忠被处死后，耿精忠的家属都得到了赦免，两个弟弟仍然被朝廷册封官职。
凌迟是清朝最惨烈的酷刑，相比于被赐自尽的尚之信，和主动自尽的王辅臣，耿精忠的下场显然是最惨的。耿精忠之所以落得这样的结局，跟耿精忠率先响应吴三桂造反，以及耿精忠在投降后反复无常的表现是分不开的。