据台湾媒体报道，7月5日，中国国民党籍台北市议员王鸿薇召开记者会，公布林智坚2008年在台湾中华大学的硕士论文涉嫌抄袭的证据。
随后，台湾大学退休教授杜震华表示，林智坚又有一篇硕士论文涉嫌抄袭，比对另一名早他半年毕业的同校学生余正煌论文，其中出现大规模雷同，从摘要开始，都是2014年新竹市长选举的6次民调结果，还有对社会基础者描述、概念性定义解释。原本余正煌有标明引用出处的，到了林智坚的论文，出处却被拿掉；甚至余正煌写错的研究对象学历，林智坚也跟着错。
陷入论文抄袭风波，林智坚极力为自己辩解，当年林智坚的指导教授、现任台安全部门主管陈明通也跑出来护短，他称，余正煌论文的民调问卷设计者就是林智坚、只是较晚毕业，导致外界误解“抄袭”，实际是林智坚的论文比较有“原创性”。但蓝营追查发现，陈明通当初明明是余正煌同学的口试委员，并非指导老师，怎么可能将林智坚的论文给余正煌参考?
中国国民党籍台北市议员钟小平6日到台教育部门检举林智坚的论文涉嫌抄袭，还说这次连民进党人都看不下去，发生内讧，才刻意将林智坚的抄袭资料流出来，让外界炒作。
面对各界批驳，林智坚6日上午接受媒体访问时，拼命替自己辩解，“自己写的东西，自己来做一个引用，那这个有什么地方不恰当。”
他这番言论一出，立即遭到岛内网友的讽刺，“承认了是吧。”、“不要狡辩了，道歉比较有用！”，还有网友直言“如果没有实力，就应该早日退出桃园市长选举。”