战略导弹核潜艇不遵守命令？这是一个大国最高统帅部最害怕的事情，也是最不敢想象的事情，所以他们总是采取一切手段避免这样的事情发生。
毕竟，战略导弹核潜艇是人类历史上破坏力最大的武器。这不是开玩笑，以美国“俄亥俄”级战略导弹核潜艇为例，他一般携带有22枚战略核导弹（有2个导弹发射井不装填导弹），型号为“三叉戟D5”，每一枚携带6-8枚核弹头，最多可以携带176枚核弹头，打完全艇导弹，估计一个中等国家就不存在了。
因此，战略导弹核潜艇的指挥官在执行发射命名或者其他作战命令的时候，心理承受的压力是很大的，为了确保这些核潜艇完全遵守最高统帅部的指示，在潜艇上有一整套流程去确保上级命令得到执行。比如，从一开始的程序上，一般战略导弹核潜艇的指挥官和副手在出海时会分别从国防部得到一组字母、数字混合的特殊密钥，两人都只知道自己的密钥，不会告诉另外一个人。
核潜艇出海后，一旦需要发射导弹，国防部会直接从最高军事统帅那里得到指令，会通过长波通讯基站将发射命令和密钥发送到核潜艇上，核潜艇的通讯兵一般由多人组成，他们互相是一个监督，也是一个补充，确保不会漏掉指令信息，接收到发射命令和密钥后，他们会把密钥打印出来，然后由两名士兵一起到打印机处取出密钥指令，两人各自用手执密钥纸张的一个角，谁也不放手，这是一种互相监督，以确保半途不会有哪个人更换密钥信息，两个人全程用手捏住密钥信息，直接送到发射员和潜艇指挥官手里。
潜艇指挥官和发射员（一般是副指挥官）各自确认是否和自己出海之前得到的密钥信息一致，确认核实后，两人会来到核潜艇上各自的发射台，每人有1把钥匙，需要把钥匙插入发射台钥匙孔中，拧动钥匙的同时，用另外一只手去按下发射按钮。指挥官和发射员各一个控制台，发射员那边也是一样的布置，都需要把一把钥匙插入，然后用另外一只手按下发射按钮。关键在于，这两个发射台的距离超过了一个人的手臂伸展长度，同时以拧钥匙和按按钮的方式击发，以确保不会有随便哪一个人就能单独完成发射程序，最少需要2人协同。
其实，这样就确保避免随便哪个人立场不够坚定，心理不够过硬，造成发射无法进行。而最为严格的是，在导弹核潜艇上会随艇驻扎不是海军的步兵部队，整个发射程序会在这些外派部队的眼皮子底下公开、透明的进行，一旦有哪个环节出现问题，比如送情报的士兵把捏着指令纸条的手松开、指挥官拒绝把钥匙插入发射孔、信息核实速度慢或者不准确等问题，他们都会第一时间选择按照规定强制要求潜艇官兵执行命令，甚至可能开枪。
一般而言，随艇驻扎的海军陆战队或者陆军特种部队人员为一个班组，10多个人，但是这10多个人武装到牙齿，轻武器装备精良，他们一方面监督潜艇内部执行命令，一方面还要保护核潜艇，防止核潜艇被敌人占领或者内部出现什么问题，他们是确保核潜艇控制权的关键所在。同时，从行政层级来说，出航的导弹核潜艇的全权指挥权限并不在核潜艇指挥官手中，而在随艇的海军一级将领手中。
比如，以俄罗斯海军为例，他们会随艇派驻一名舰队副司令，或者海军一级的指挥官，比如海军副司令等，这样就断绝了核潜艇艇内的常驻军官、士兵立场不坚定，不执行命令的可能性。其实，从核潜艇士兵的选拔上，各国就非常严格，对其上三代、下一代进行严格政审，甚至其同学、朋友等关系网络，只要出现一个有违法行为、政治问题的关系，就不会让他上潜艇，在潜艇上的士兵，大都是根正苗红、爱国敬业的优秀好青年，最好还有什么见义勇为的事迹，像这样的人员组成的精锐艇员队伍，是绝不会出现不执行命令的问题的。
最后，有些国家也会给战略导弹核潜艇配备自毁、武器锁定等程序，如果出现核潜艇不执行命令的局面，他们会马上先派遣军舰、核潜艇前往该海域，随时准备采取行动，然后通过各种通讯方式和潜艇取得联系，甚至会通过投掷手雷的方式，以爆炸声音的次数和频率联系核潜艇，这在俄罗斯“库尔斯克”号核潜艇失联之后就动用过，当时，担任旗舰的“基洛夫”号核动力巡洋舰就在“库尔斯克”号失联海域投掷了20多枚手雷，如果核潜艇能接收到这些爆炸声，就应该迅速上浮，因为这些爆炸声音反过来也意味着可以随时投掷深水炸弹，在其附近爆炸。
当然，一艘战略导弹核潜艇也没有任何理由不去执行命令。他们的待遇是全军最好的，最高的工资，最好的伙食，给家人最好的福利安排，国家给足一切特殊照顾，办事都是一路开启绿灯，就这样的待遇他们有什么理由不去忠诚呢？况且，核潜艇自己自持力是有限的，别看核潜艇跑的快、跑得远，但是核潜艇内部的氧气、药品、水源、食物、生活设施等都是非常有限的，出海一个月，核潜艇内的艇员就会处于极度的困乏和封闭之中，核潜艇完全不具备独立和国家讲条件的可能性。
所以，战略导弹核潜艇不执行命令的情况基本不会发生，不论是理论上、程序上还是技术上，都没有这种可能性，就算出现某些不执行的个人，他们也会在轻武器的直接瞄准下强制执行命令。