基本药物与医保药品既有共性，也有差异。
一是两者在安全有效、性价比方面差别不是太大，基本药物在“防治必需、保障供应、优先使用”方面的属性更强。
二是基本药物不仅兼顾临床必需，还考虑公共卫生必需，包括免疫规划疫苗、治疗艾滋病和结核病等疾病的药品。
三是基本药物需采取多种方式保障有效供给，确保不断供，政府通过定点、储备等方式保障生产供应，通过财政专项经费或纳入医保基金予以高水平保障，提高患者对基本药物的可负担性。
四是基本药物是临床首选、优先使用的一线药品，随着按病种付费、总额预付、DRGS等医保支付方式改革不断深入，从保证供应、指导临床合理用药角度，基本药物目录的指导性作用只会加强、不会被淡化。
我国基本药物和基本医保药品两者是相互联动的。
一是完善医保支付政策，医保部门按程序将符合条件的基本药物优先纳入医保目录范围；
二是完善采购配送机制，医保经办机构按照协议约定及时向医疗机构拨付医保资金，医疗机构严格按照合同约定及时结算货款；
三是深化医保支付方式改革，建立健全医保经办机构与医疗机构间“结余留用、合理超支分担”的激励和风险分担机制。通过制定药品医保支付标准等方式，引导医疗机构和医务人员合理诊疗、合理用药。
