清朝大部分地区的封疆，大体可以分成三个体系：八旗、行政和八旗外其他军队。
将军和都统属于八旗体系，总督和巡抚属于行政体系，提督属于绿营体系。
一、八旗体系（将军、都统）
八旗是满清的立国之本，所以对八旗的建设最为重视，哪怕后期的战斗力极剧衰退，八旗同样拥有极高的地位。
八旗的驻军分布于全国各地，前期主要目的是维稳防乱，后期主要目的是节制其他军队，比如绿营军、水师等。
所以，八旗体系的将军和都统地位要略高于其他体系，基本由满蒙担任，汉人担任极少。
▲八旗
将军主要分为两种：大将军和驻防将军。
大将军是清朝与外大战时，设置的临时岗位，地位极高，权力极大，辖区内所有的驻防将军、都统、总督、巡抚、提督等，均要听其号令，且有先斩后奏的权力。可谓一人之下，万人之上。
驻防将军就是分布于全国各地的八旗军统领，大多为从一品，伊犁将军和绥远将军为正一品，级别等同于大学士。
▲伊犁将军府
都统也主要分为两种：旗务都统和驻防都统，均为从一品，与驻防将军平级。
旗务都统相当于旗主，统管旗内大小事务，所以驻防将军一般会给自己旗的旗务都统面子；
驻防都统与驻防将军类似，统管辖区内军务。一般两者很少重叠，井水不犯河水。不过有个例，乌鲁木齐都统要受伊犁将军节制。
▲一品武官麒麟补子
二、行政体系（总督、巡抚）
总督和巡抚承袭明制，统管一方的谷税民政军，实权大，不过官阶低于八旗体系的将军和都统。
总督的官阶为正二品，一般挂兵部尚书和督察院右都御史，成为从一品；如果是挂大学士，则是正一品。清朝还设立过漕运总督、河道总督，主管专项。级别低于正常的总督，差不多与巡抚平级。
巡抚的官阶为从二品，一般挂兵部侍郎和都察院右副都御史衔，成为正二品。山东巡抚较为特殊，直接就是正二品。
▲沈葆桢，曾任江西巡抚
尽管从管辖范围上来看，总督一般管辖数省，而巡抚仅管辖一省，但两者不是上下级关系。
总督节制巡抚，这里的“节制”是“监督、指导”的意思。巡抚也可上达天听，直接对皇帝负责。
所以，督抚的关系比较微妙，经常是相互制衡，这也是清廷有意而为之。
▲清朝官职表
三、绿营体系（提督）
提督是绿营的首领，驻扎在全国各地以及水域，从一品，尽管官阶不低，但是实权较小。
提督受到八旗体系和行政体系的节制，相当于被双重领导。而且在打仗时，一般是八旗在后，绿营在前，先当炮灰。
▲清末的巡防营，就是从绿营部队中精简出来的
提督里面比较特殊的是九门提督，负责北京内城九座城门的守卫和门禁，因为关乎紫禁城的安危，九门提督是皇帝亲信中的亲信。
所以一般的封疆大吏，都会非常给面子。
▲老北京九门与八旗驻守位置
综上，从品阶上来看，将军、都统和提督为从一品，总督（不加衔）为正二品，巡抚（不加衔）为从二品；
实权最大的是总督、巡抚，最小的则是提督。
以上。
参考资料：《清史稿》。