多国发现新冠病毒变异毒株,意味着什么?

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近段时间,一直有新的新冠变异毒株被发现报道,比如之前在马来西亚现有的新冠肺炎确诊病例中确认了4例D614G变异毒株(这一变异毒株传播速度可能比一般毒株快10倍)。其中引起比较大反响的是8月份在印度发现的73个毒株新变种。据央视新闻消息,据印度报业托拉斯15日报道,印度当地研究人员在东部奥里萨邦发现了73个新冠病毒的新型变种。该研究团队的首席研究员达斯博士(Dr. Jayashankar Das)表示,研究团队对包括752个临床样本在内的1536个样本进行了测序,最终首次在印度报告了两个新的病毒谱系。报道称,研究团队发现了73个新冠病毒毒株的新变种。达斯还补充说,了解新冠病毒的详细特征对于治愈新冠肺炎患者很有帮助。这项研究将有助于了解新冠毒株的脆弱性,以及印度东部,尤其是奥里萨邦的病毒变异动态。
那对于病毒频繁产生变异的现象,很多朋友可能只是一味的感到恐惧,对此,我们又该如何理解和应对呢?这篇文章,浩哥就来科普一下这个问题。
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「病毒变异罕见吗?」
其实所谓变异,本质上就是基因序列出现的变化,不仅仅是病毒,即便是我们人类,无时无刻也都有细胞发生着序列变化(只不过绝大部分变异都是没有意义的,随着细胞的自然凋亡就会消失,只有极极极极少数的变异会对人体产生影响,比如肿瘤的产生)。因此,新冠变异并不奇怪,本来就是RNA病毒,加上目前感染数量已经如此巨大,不变异才有鬼。但其实我们关注变异的本身,是变异会对新的毒株带来怎样的表型变化(就是那些极少数产生作用的病毒序列变异,比如毒性增强,传播性增强等)?
对于印度发现的病毒变异,我去查了下材料,关于这个事件的原文报道,目前能收到的只有两个媒体报道链接,一个是the times of India, 一个是The new indian express。
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浩哥接着去GISAID数据搜了下,本来想查一下,有没有这73个病毒毒株的序列数据,无奈现在没有研究所邮箱了,公司邮箱申请的账号还没过审。所以,只有退而求其次,去查了下GISAID上的新冠的流行病学传播工具。不巧,即便数据库已经更新到十月份的数据了,但印度的数据(下图的绿点)还集中在中部,并没有奥里萨邦的数据(ODISHA,红色方框),所以推测应该是还没有上传到数据库。
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所以,浩哥只能从媒体报道的内容里,尝试寻找一些信息了,当然也发现了一些亮点。首先,我们看到,媒体采访的印方研究所负责人说,从这1536个样本中发现的新的新冠变异株系主要是B.112和B.199。
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给大家简单说一下目前全球新冠毒株的谱系分类吧,按GISAID上的官方描述,目前全球的新冠病毒序列,主要可分成六大分支(下图,S,L,V,G,GR,GH),其中S,L,V株系是19年出现的(所以前边有19的数字),而G,GR,GH三个株系是今年才出现的(名字有20的数字),所以我们看到,按印方负责人说的,这次新发现的毒株是B.112和B.199株系,那对应的就属于GR和GH的分支
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那这两个分支有什么特别的呢?从下图我们可以看到,在已发现的病毒序列中,GH和GR都包含有S-D614G这种病毒型。
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那D614G病毒型为什么如此‘臭名昭著’呢?
因为它是一个将新冠传染性带到一个新高度的变异型,这种病毒型,从今年2月份以来开始在全球爆发,如今已经成为全球最常见的一种新冠病毒型[1][2][3][4]。而正是由于这种病毒型的突变,改变了原病毒型(D614)的氨基酸序列,将原来的614位天冬氨酸(缩写为D)变成了甘氨酸(缩写为G),导致了这种病毒型的传染性进一步增强。这也是这种病毒型取名为D614G的原因。
「病毒变异对我国防控的影响」
通过上文,大家应该已经清楚了,病毒的序列变异是非常正常的,新型的毒株可能一直都在产生,但大部分新型毒株其实并没有特别的表型表换,所以大家其实不用过于恐慌。至于对于我国的防控工作,浩哥觉得保持常规操作即可,但从另一层面也需要密切关注这些新型病毒型后续的表型,有没有特殊的变化,另外边境的管控也要尤其注意,毕竟最近云南瑞丽的疫情复发也是由于偷渡引起的,虽然奥里萨邦离我们也不远,但对其它国家的进出管控也更为关键,因为貌似7月份,美印就通航了......
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参考文献:
1. Tang, L.; Schulkins, A.; Chen, C.; Deshayes, K.; Kenney, J.S. The SARS-CoV-2 Spike Protein D614G Mutation Shows Increasing Dominance and May Confer a Structural Advantage to the Furin Cleavage Domain. Preprints 2020, 2020050407 (doi: 10.20944/preprints202005.0407.v1).
2. Maitra A , Sarkar M C , Raheja H , et al. Mutations in SARS-CoV-2 viral RNA identified in Eastern India: Possible implications for the ongoing outbreak in India and impact on viral structure and host susceptibility[J]. Journal of Bioences, 2020, 45(1)
3. The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera DO - 10.1101/2020.06.20.161323
4. Koyama T , Weeraratne D , Snowdon J L , et al. Emergence of Drift Variants That May Affect COVID-19 Vaccine Development and Antibody Treatment[J]. Pathogens, 2020, 9(5):324.