湖面漂浮的一具女尸，打破了村里的寂静，她的手被反绑在身后，随身衣物散落在四周，种种迹象表明，受害者是在受到侵犯后，被残忍杀害抛尸的，根据女人的身份，警察很快锁定了犯罪嫌疑人，货车司机，叔叔张云平和侄子张军，因为死者生前，搭乘过他们的顺风车。
在安徽通往上海的高速公路上，嫌疑人的车辆，被警察拦截，此时张军和张云平还不知道，未来等着他们的是什么。
逼仄幽暗空间里的禁闭，十天半月的米粒不沾，彻底击溃了两人的坚持，莫须有的罪名，戴在两人头上，叔侄二人以QJ（强奸）杀人的罪名，被正式逮捕，他们由货车司机，变成了人人唾弃的社会残渣。
法庭上，公诉人一一罗列着叔侄两的罪行，警察只拿出了二人的口供，就想一锤定音，将两人定罪，面对死者指甲缝中，与二人完全不符的DNA，却置若罔闻，公诉人还以尸体浸泡时间过长，证据流失为由，驳回了辩护律师的据理力争，不顾彻查DNA样本的要求，听取了公诉人的建议，做出了判决。
叔侄二人QJ杀人罪名成立，分别被判处了死刑，和无期徒刑。由于家属不能接受这样的判决，辩护律师也无法忽视，内心深处对正义的渴望，便请了业内有名的阮教授出山，为叔侄两伸冤。
看完卷宗，阮教授同意辩护律师的看法，认为法院判决不公，二人在正义的趋势下，一拍即合，阮教授当场答应，代理此案。
作为辩护人，阮教授对公诉人提出了质疑，缺少证据不说，张军还有一份长达十六页的供述，还竟然在短短四十分钟内完成了，这和张军的文化水平，完全不符。
谁知，公诉人并不接招，反而提交了另一个证据。正是张军的狱友，袁芬芳提供的口供，袁芬芳说，张军走进监舍的那天晚上……却一不小心掐死了她，一份薄薄的口供，成了敲定他们命运的关键证据。
终审判决公布，张军被判死刑，缓期两年执行；张云平被判有期徒刑十五年。
叔侄二人背负起了QJF的罪名，锒铛入狱。随着二人罪名确立，家中也迎来了一场大变动，张军的未婚妻，亲自上门退还了彩礼钱，视他们家人为蛇蝎虎豹，从此断了联系；张云平的妻子，也挺着肚子，去医院做了引产手术，将一纸离婚书，送到了狱中。
没了期待已久的孩子，张云平自知含冤入狱的自己，给不了妻子承诺，便忍痛签下了离婚协议。他不怪妻子，只怪命运的捉弄。
有人毅然松手，放弃了他们，但依旧有人为了他们，踏破铁鞋，四处奔走。张军的父亲，张云发，一直都在为叔侄两申诉，但在农村操劳了一辈子，人生地不熟的他，注定到处碰壁。
眼看求救无门，张云发便在立案大厅门前，竖起了纸板叫冤，将渺茫的希望，寄托在来往的人群中。
此时张云平和张军，已经被关押在石河子监狱，进行劳动改造，但从始至终，他们都不承认自己有罪，为此，张云平还常和狱警大打出手。检察官张红旗对他的“冥顽不灵”早有耳闻，便亲自询问了他。
看着态度诚恳的检察官，张云平这才说出了不服管教的理由，原来他每周都会寄出三封申诉信，却从未收到过回信。张红旗立马找到警察调查，每封信都有寄出记录，但为何这些信都石沉大海了呢？凭着多年的办案经验，张红旗觉得事出蹊跷。
重新翻阅叔侄二人的案件卷宗，果然发现他们的案件，疑点丛生，他决定帮助叔侄两申诉。张红旗一边安抚鼓励他们，一边着手调查，这也让张云平重新能看到了希望，他开始收敛自己的行为，积极服从管教，因为表现良好，还获得了减刑的机会。
但他一口拒绝了，他从不认为自己有罪，他要的也不是监狱的宽恕，而是洗刷冤屈的清白，是一个迟来的公道。在枯燥的劳改中，等待申诉，等待每周三封信的回音，是张云平熬过漫长黑夜的唯一理由。
一则突如其来的新闻，打破了张云平的平静，当年案件的负责人登上电视，获得了奖章，面对镜头，她得意地吹嘘着办案警察们当年的辛苦，看着电视里，负责人洋洋得意的嘴脸，只有张云平和张军知道，她的嘴脸有多丑恶，这份奖章又有多少水分。
当年小黑屋里的恶意折磨，仿佛昨日重现，张云平彻底失控了，举起椅子就向电视砸去，幸好被狱友拉住，才没酿成大祸。可如今电视新闻都定了他们的罪，要想申诉翻案，注定前路坎坷。
然而更让他难过的是，母亲也看到了那则新闻，无法承受来自世俗的指点，和言语攻击，自杀了，张云平觉得是自己害死了母亲，不愿独活，想跳河一了百了，多亏狱警反应及时，将他救了上来。
张红旗赶来看他，张云平看着一心为他们奔走，仍然没能驳回一个清白的检察官，情绪再次失控，母亲的死，成了他心底的死结，索性破罐子破摔起来：我还申什么诉，我申诉给谁申诉啊。
看着七尺男儿。落泪痛哭，再多安慰的话，张红旗也说不出口了。
时光荏苒，五年光阴也在弹指一挥间，转瞬即逝，随着案件调查的深入，张红旗也愈加坚信，叔侄两是被冤枉的，但警方对他的调查申诉，却一直百般推脱，甚至还大放厥词，他们从来不会有冤假错案。嚣张的气焰，瞬间惹恼了一向不卑不亢的张红旗：什么？你们东江从来没有冤假错案？那杨乃武小白菜不就是你们东江的吗？
张云发五年如一日地，在立案大厅门前立着喊冤的牌子，张红旗也依旧没有放弃，功夫不负有心人，偶然间，他在包裹山药的旧报纸上，发现了河南马鑫的冤假错案，正是由一个叫袁芬芳的人，做伪证引发的。
张红旗立马对袁芬芳展开调查，果然，这个作伪证的袁芬芳，正是当年提供张云平犯罪口供之人。
张云发也听说了有望翻案，连忙卖掉老宅，怀揣着二十万现金，再次来到北京，谁料谈好价钱的律师，却人间蒸发，不见踪影，无奈，他只得求助张红旗。
张红旗看着手边的卷宗，灵机一动，让张云发去找帮马鑫翻案，披露袁芬芳伪证的朱律师帮忙。
朱律师一听到袁芬芳这个名字，就懂了，案件有很大可能存在冤屈，立马答应了下来，还赶到河南，找到了当初被冤枉的马鑫，拜托他出庭指证袁芬芳。
翻阅卷宗，朱律师发现翻案很有希望。张云发对他的热心，十分感动，当即就掏出二十万元，要给他打官司用，看着这多灾多难的一家人，朱律师拒绝了，还让他将老宅赎回来，他会免费援助他们打官司。
张云发按照朱律师的指示，找到之前的辩护律师，将叔侄两的案件卷宗，全部打印出来，朱律师也在四处奔走，寻求立案。但立案人员对他提供的资料，总是百般挑剔，就是不予申诉。
不管朱律师来多少次，立案大厅的工作人员，铁了心似的，不给他再审的机会，一时间，朱律师也迷惘了，就在他焦头烂额之际，警方再次破获一起QJ强奸抛尸案，尸体捆绑的方式，和叔侄两案件的受害者王梅，一模一样，抛尸地点也极其相似。
再次看到希望，朱律师迅速找到杀人犯的辩护律师，想要找到杀人犯的DNA，好与张云平叔侄案的DNA比对，但就是这么关键的申请，警方依旧不留情面地驳回了。
一波未平一波又起，一直帮着张云平的张红旗检察官，也到了退休的时刻，分别时，两人都忍不住潸然泪下，多年的关照，早让他们之间的情谊升华，而且一旦他离开了，谁又会帮他们申诉呢？张云平感到的，只有无尽的悲伤，他已经不抱任何希望了。
就在此时，案件的进程却突然峰回路转，公安局在录入杀人犯的DNA时，意外发现，竟然与张云平张军案中，受害者遗留的DNA完全一致。面对如山铁证，警方只能同意了申诉。
看着梦寐以求的申诉单，张云发终于忍不住，放声痛哭了起来，这么些年的奔走和求助，等的不就是这一刻吗？
真相水落石出，张云平和张军的控告撤销，叔侄两结束了长达十年的牢狱之灾，洗刷了冤屈，被无罪释放，并分别赔偿了他们一百一十多万元。
他们笑着奔向法院外，迎接的人群，他们终于可以没有负担和罪恶地放声大笑了，可十年的牢狱生涯，将他们和社会隔离太久，如何回归生活，也成了问题。家庭早已支离破碎，回到村里，也是物是人非。
张军的女友，早已嫁做他人妇，有了孩子，家庭幸福，远远看了一眼后，张军便离开了，他和叔叔商量，决定重操旧业。
叔侄两的大货车再次上路，偶尔遇到搭顺风车的，他们也会停车，载他们一程。经历了冤屈和苦难，他们依旧保有善良的初心，对生活充满希望，这一点，弥足珍贵。