目前，肺部感染仍是人类最常见的感染性死因。在 2019 年世界卫生组织公布的全球十大死亡原因中，下呼吸道感染的死亡率排在第四位。虽然目前临床上采用的微生物检查方法较以往已经比较先进，但常规病原学检查，有 60% 的感染病原体未明确。因此，早期快速、准确的病原学诊断，尽早目标性治疗，是改善疑难肺部感染预后，降低病死率的关键。在 2021 年中华医学会呼吸病学年会（第二十二次全国呼吸病学学术会议）上，来自复旦大学附属中山医院的胡必杰教授针对病原学精准诊断为我们做了精彩的专题报告。
一
社区获得性肺炎病原体
1.根据我国既往的流行病学调查，发现肺炎链球菌和非典型病原体是我国社区获得性肺炎（CAP）主要病原体，但有专家认为其实病毒引起的肺炎也占有不小的比例，但由于当时没有很好实验室检测手段，无法有效的检测出。
2.根据中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南（2016 年版）的社区肺炎处理的临床路径，胡教授认为第 3 步——推测 CAP 可能的病原体及耐药风险，和第 4 步的病原学检查在整个诊治过程极为重要，只有通过明确真正的致病菌才能达到精准治疗。
二
病原学诊断存在的困难
当前，除了肺部感染的病原体种类繁多外，还有各种各样的因素影响我们的肺部感染的精准（病原学）诊断。原因如下：
1.病原诊断的痰标本受口腔菌群污染严重；
2.很多肺部感染早期不产生痰液；
3.直接采集下呼吸道标本的方法，具有一定风险；
4.肺部感染病原谱非常广泛，如病毒、非典型病原体；
5.很多感染的病原体，常规培养不能生长或辨别；
6.肺部感染中，混合感染的比例较高；
7.细菌性肺部感染，合并菌血症比例很低；
8.不少影像学看似肺炎，而实为非感染性疾病；
9.不属于肺炎的影像学表现如肺结节，不少是肺部感染。
有专家认为，即使采用全部的病原学检验技术，仍有30% 以上的社区获得性肺炎无法明确感染的病原体，这提示着我们需要不断提高实验室的诊疗技术。
三
评估 CAP 病原体的方法
在评估 CAP 可能的病原体时，需要结合感染场所与临床表现、特殊病史、抗感染治疗反应及相关辅助检查进行多方面综合分析，其中通过利用影像学结合病原学检查可以提升我们的病原学检出能力。
1、影像学检查—胸部 CT
能够使病灶显示更加精细，一定程度上反映组织病理学特征，不少特定病原体引起的肺部感染灶，在 CT 影像学上具有特征性，包括病灶形态、部位、数量、大小、变化速度以及对治疗的反应，使胸部 CT 第一时间评估感染病原体成为可能。换言之，胸部 CT 不应停留于判断肿瘤或非肿瘤、感染性炎症或非感染性炎症。
2、涂片、各种培养技术
这是实验室较为常用的病原体检测技术，但在收集标本时需注意口水的污染，其会误导临床治疗，且痰培养等技术存在耗时长的缺点。
3、抗原抗体检测：除了抗体检测，部分抗原如血清荚膜抗原、尿可溶性军团菌抗原在诊断隐球菌、军团菌引起的肺炎中具有价值。
4、炎症标志物：如降钙素原在鉴别感染或非感染、细菌感染或病毒感染中有一定的价值。
5、分子基因检测：是当前尤为重要的病原学诊断技术，其运用方面如下：
（1）病原生物进行鉴定、分型、耐药评估等；
（2）动态、定量的检测病原体核酸，能对疗效判断和病情预后评价提供客观的依据；
（3）部分已广泛应用，如新冠病毒、流感病毒、结核分枝杆菌等。
四
飞速发展的 mNGS
利用宏基因组的测序方法来检测传染病的方法，其高通量、快速检测的特点在当前的诊疗中运用越来越广泛。mNGS 对于普通培养生长缓慢或不能生长的病原体如分枝杆菌、诺卡菌、厌氧菌、真菌、非典型病原体、病毒等，具有检测速度快、阳性率高等特点。对于发现我们不熟悉、没考虑到的病原体作用巨大。因此，mNGS 对于早期治疗、抗生素的合理使用及实现精准治疗有重大价值。
1、mNGS 在不同病原体中的运用案例
案例 1：男 37 岁，气促 2 周，2018 年 6 月 27 日入院（图 1A、B）
图 1A（图源：讲者提供）
图 1B（图源：讲者提供）
案例 2 ：女 63 岁，肺结节、淋巴结肿大 2 年，皮肤结节、腰痛 1 年。（图 2A、B）
图 2A（图源：讲者提供）
肺结核，肺癌广泛转移？（2019 年 4 月 8 日入院）
图 2B（图源：讲者提供）
案例 3 ：反复发热伴咳嗽、咳痰 7 个月。（图 3A、B）
图 3 A（图源：讲者提供）
支气管肺泡灌洗液（BALF）mNGS 基因检测结果：
图 3B（图源：讲者提供）
2、mNGS 检测：有可以解决的问题和不易解决的问题，需要注意结合临床情况。
五
核酸检测：临床病毒学诊断的金标准
美国胸科学会（ATS）建议：对住院的 CAP 重症及免疫缺陷的患者常规进行常见病原体核酸检测，这值得我们中国医生的借鉴。
六
总结
分子诊断技术应用，让肺部感染病原学精准诊断成为现实。通过病原学（目标）诊治，达到精准诊治，实现个体化治疗，让疑难杂症、重症肺部感染治疗成功率大幅提升，使病死率显著下降。
鸣谢：复旦大学附属中山医院 胡必杰教授
整理：糖柠
排版：美超
题图：站酷海洛