第一次鸦片战争后，清朝上下仍然不愿意正视西方诸国，将他们横写的字母文字蔑称为“蟹行文”，交往学习更是无从谈起了。咸丰十年英法联军攻入京师，留守议和的恭亲王奕䜣就因此遇到一个非常尴尬的问题。
当年十月刚被释放的英国公使巴夏礼给奕䜣写了一封信，信的大部分内容是用中文书写，但是结尾又单独写了几行英文。不光奕䜣，整个京师的官员无一人能识。信都看不懂，还如何回复？（为此从天津征调了一名广州籍的行商）
虽然这几句英文并不重要，只是巴夏礼按习惯写的敬语、时间以及署名，但朝廷也意识到学习外文的重要性。同治元年六月，清廷正式开设同文馆（设在总理衙门内）并聘请外国传教士教授外文，以备与洋人接洽时作翻译之用。
当时官绅之家仍视科举为正途，不仅觉得入同文馆会耽误学习儒学经典，还普遍认为学习洋文是学“奇巧淫技”的羞耻之事。在这种氛围下，就不难理解恭亲王奕䜣一道关于同文馆的奏折，为何会引爆朝堂了。
同治五年末，奕䜣为了便于洋务运动的推行。奏请在同文馆内增设天文算学馆，招收科甲正途以及五品以下官员，学习以天文算学为代表的自然科学。朝廷刚发出相关告示，山东道监察御史张盛藻就上折反对：
天文、算法，宜令钦天监天文生习之；制造工作，宜责成工部督匠役习之。文儒近臣，不当崇尚技能，师法夷裔。若以自强而论，则朝廷之强，莫如整纪纲，明政刑，严赏罚，求贤养民，练兵筹饷诸大端；臣民之强，则惟气节一端……
这也是当时朝堂内外大多数官员、士绅的态度。虽然两次折辱于洋夷，但是皇朝上下仍然普遍认为大清的文化、制度、理念等都无比先进，洋夷只是在一些“奇巧淫技”上领先皇朝。作为应对，朝廷安排一些不入流的人去掌握相关技能即可，怎么能舍本逐末让皇朝的中坚（文儒）去师法蛮夷？
张盛藻的奏折一公开，朝野内外纷纷附和并指责奕䜣和军机处，“军机无远略，诱佳子弟拜异类为师”，很快早就看洋务派不顺眼的清流领袖倭仁也借势参与了进来。
作为理学大师，倭仁指出“立国之道，尚礼仪不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺”，而聘请洋人教习士子，会让他们逐渐疏离礼仪最终“变夏为夷”。事情一下子就被他上升到“亡国灭种”的高度。
一时之间各种抨击和嘲讽向奕䜣飞去，诸如“孔门弟子，鬼谷先生”、“胡闹胡闹，教人都从了天主教”的顺口溜都出来 …… 奕䜣不得不出面与倭仁论战。
奕䜣上奏驳斥倭仁，其称想要大清强盛就得像洋人一样造火器、轮船、机器等等，这就必须重视自然科学，必须学习天文算数等技能。而倭仁这些清流平日只会高举道义大旗空谈嚷嚷，不但让人裹足不前、无心实事，真打起仗来，他们不是袖手旁观就是找借口逃避。
倭仁并未直接回应奕䜣的主要观点，而是单独挑出奕䜣的一句话“忠信仁义，足以制敌之命，臣等未敢信”，来反击。
倭仁称，如果士人不能以忠信仁义为根本，怎么指望他们尽力报国，不忠不信之人学什么技能都没有意义。同时倭仁认为“天下之大，不患无才”，朝廷想求精通天文、算术之人，发出招贴即可，不需要为此聘请洋人。
奕䜣则辩解，聘请洋人增设天文算学馆，只是为了让士子们学西方技术，并不是让他们放弃忠信之礼。而且“挑刺抓辫子”奕䜣也会，你不是说“不患无才”么？那你来推举些精通天文算学的人。
被反将一军的倭仁，只得尴尬解释自己是担忧聘请洋人会妨国体害学子，而且自己也不认识精通天文算术的人才，不敢推举。
与此同时奕䜣还用“权谋”恶心了倭仁一把，他奏请两宫太后允许倭仁到“总理衙门行走”（是一种职权不是官职），并再增设一个同文馆交倭仁管理，以为互相激励。
此时的慈禧太后也有些厌恶清流的迂腐，所以她最终站在了奕䜣这一边。同治六年三月十九日两宫太后颁布懿旨，下令停止争执、同文馆增设天文算学。同时令总理衙门增设一馆，由倭仁到总理衙门行走管理此新馆。
注：倭仁等清流在之前“李鸿藻丁忧”一事中因过于强调祖制，冒犯了慈禧（慈禧一度认为他们是在暗示她和慈安垂帘听政有违祖制礼法）。因此这次慈禧也有报复的意思。
对于倭仁来说，以帝师的身份去招募管理洋人并教授“淫技”，这不仅是投降还是一种羞辱。以至于给同治授课时，竟然“涕泪交集”。后在翁同龢和李鸿藻的参谋下，倭仁想到一个“逃避”的办法。
按照清朝礼制，二品、六十岁以上官员可乘轿入紫禁城。三月二十九日，已经官居一品并且六十四岁的倭仁，特意骑马入朝，结果不幸“坠马受伤”，随即称病居家静养。
当年五月北方大旱无雨，面对严重的旱灾，两宫太后依传统下旨让天下群臣“直言极谏”。直隶候补知州杨延熙借这个机会上奏称，久旱不雨是因为“师敌忘仇”开设同文馆激怒了上苍。他建议朝廷撤销同文馆，示天以诚。
不论他有没有道理，是不是私下和倭仁串联。在慈禧看来，自己刚给同文馆之事下了定论，这会就借大旱跳出来反对，无疑是在挑衅两宫太后的权威。
很快朝廷以同治的名义发出上谕，首先申斥了杨延熙“呶呶数千言，甚属荒谬”，然后公开警告倭仁“杨延熙此奏如系倭仁授意，殊失大臣之体”，同时要求倭仁赶快去总理衙门履行职责。
就像之前李鸿藻不顾一切的反对夺情一样，倭仁也豁出去了。请求辞去一切职务，以表达自己坚守“忠信为甲胄,礼义为干橹”的信念。最终两宫太后同意他辞去帝师之外所有职务，同文馆卫道之争也就此落下了帷幕。
虽然清流在这次同文馆之争中败北，但是他们实际又取得了“胜利”。因为倭仁的阻击，开设天文算术馆的计划可以说是失败了。
招生时不但无科甲官员报名，报名人数都不够招收人数，后良莠不齐的凑足了三十人勉强开馆。但是第二年就因学习成绩太差而淘汰二十人，剩下的十人也被迫合并入外文馆。
除此之外更严重地是，皇朝又主动放弃了一次自我革新的机会。“天朝上国、华夷之别”仍然充斥人心，那么固步自封就只会继续下去。而隔壁的日本却正在变革中快速崛起，甲午惨败的阴云实际上已在大清的头顶上聚集了。