1368年，大明徐达率军攻入北京，蒙古元顺帝北逃，但蒙古并未从此灭亡。
明朝时期的蒙古分为瓦剌和鞑靼两部，至明末，再分裂为漠南、漠北和漠西三部。
康熙初年蒙古势力图
1、漠南蒙古即今内蒙古。
明末清初漠南蒙古主要为科尔沁和察哈尔部。
公元1635年(明崇祯八年，后金天聪九年)，察哈尔部林丹汗去世后，皇太极俘林丹汗妻子，察哈尔部被征服。此后其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部，亦尽皆归附，漠南蒙古为后金所统一。
公元1636年(明崇祯九年，清崇德元年)，漠南蒙古16部49个封建主，同满汉贵族一道共推后金国主皇太极为皇帝，漠南蒙古正式纳入后金即后来的大清版图。
2、漠北蒙古即今蒙古国。
清初，漠北蒙古为喀尔喀蒙古部，清朝在入关以前已经与喀尔喀蒙古三大汗──土谢图汗、札萨克图汗、车臣汗建立了联系。
康熙年间，喀尔喀蒙古三部之间发生纷争。
1688年，漠西蒙古准噶尔部噶尔丹汗乘机向喀尔喀大举进攻，土谢图汗等猝不及防，拒战失利。沙俄趁喀尔喀战败，向其上层人物威逼利诱，要他们投降俄国以寻求保护。经哲布尊丹巴呼图克图倡议，喀尔喀蒙古举旗投清。
1691年，康熙亲至多伦诺尔，举行会盟仪式，漠南蒙古49旗王公、漠北蒙古各部之王齐集，康熙宣布喀尔喀蒙古实行旗制，漠北蒙古正式纳入清朝版图。
多伦会盟又称七溪会盟、多伦诺尔会盟、康熙会盟是康熙为加强北方边防和对喀尔喀蒙古的管理。清初喀尔喀蒙古各部纷争，牵扯到俄国干涉和噶尔丹插手，事情相当复杂。喀尔喀内部纷争，不能诉诸武力，只能协商调解。于是，康熙帝要亲自调解其内部的矛盾与纷争，亲临塞外，主持会盟。 于康熙三十年（1691）在多伦诺尔（多伦）与蒙古各部贵族进行的会盟。
3、漠西蒙古即今新疆地区
明清时期的西域属于漠西蒙古，漠西蒙古主要是准噶尔部。
清初，西藏黄教派人到准噶尔认定噶尔丹为西藏尹咱呼图克图的第八世化身，将不到10岁的噶尔丹请到西藏班禅和达赖处学佛法。
1670年，其兄僧格珲台吉在准噶尔贵族内讧中被杀。噶尔丹得到达赖允许而还俗，赠之"博硕克图"佳号，自西藏返回，击败政敌，成为准噶尔部珲台吉。
噶尔丹夺得准噶尔统治权后，便积极向外扩张，一统漠西，建立准噶尔汗国。
噶尔丹时期的准噶尔汗国是称雄西域的大国，在当时的亚洲与大清和沙俄三足鼎立。
准噶尔汗国
1688年，噶尔丹趁漠北喀尔喀蒙古蒙古内斗，欲一统蒙古。
1690~1696年，康熙三征噶尔丹，成功阻止了准噶尔的东进，并将漠北喀尔喀蒙古纳入版图。
而清朝平定准噶尔的战争旷日持久，起于1690年(清康熙二十九年)，迄于1757年(清乾隆二十二年)，历经康熙、雍正、乾隆三朝，历时68年，最终将漠西蒙古准噶尔部纳入版图。
平定准噶尔
清朝平定准噶尔后，将准噶尔人屠戮殆尽，因此，现在的新疆地区是维吾尔人，而当年的漠西蒙古人基本消失。
清朝统一蒙古后，以漠南蒙古居内地称内蒙古，漠北蒙古居边外称外蒙古，并属理藩院。
而漠西蒙古称新疆，取"故土新归"之意。