康熙二十一年（1682年）正月，“三藩”之乱彻底偃旗息鼓，耿精忠被亲信徐文焕所诈，进入牢房，在大牢里的他还幻想着出去后该怎样度过一个潇洒的晚年。
而此时的康熙帝也表现出并非要置耿精忠于死地的样子，他特意对大臣下诏书说要宽待耿精忠，大学士明珠察言观色后上奏康熙帝：“耿精忠负恩谋反，罪过大于尚之信。”
康熙听后，脸上露出一丝难以觉察的满意。
很快，耿精忠被凌迟处死，结束了他短暂的一生，他的同伙王世瑜、白显忠、徐文耀等也被凌迟处死。范承谟的儿子范时崇拿着耿精忠被分割下来的肉摆在范文程的墓前，来祭奠被耿精忠囚禁而遇害的父亲。
“二十一年，法司具狱上，上谕廷臣欲宽之。大学士明珠奏精忠负恩谋反，罪浮于之信。乃与养性、显忠、元勋、进忠、文耀、世瑜、振邦、得鋐并磔于市。显祚、弘勋等皆斩。秉政逮诣京师，道死。”
说起来耿精忠被康熙帝凌迟处死也是其自取灭亡，三个藩王只有他死得最惨，吴三桂活到67岁病死，尚可喜活到73岁病死，只有他落了个死无全尸。
耿精忠是个浮夸的N官代，只知靠祖上积累的财富来享受人生的无脑人士，他盲目跟风造反，又中途回头，他不死谁死？
耿精忠的爷爷是清朝靖南王——耿仲明，他是崇祯初的登州参将、毛文龙旧部，毛文龙被袁崇焕杀死后，他成了孙元化麾的部下，在崇祯初期和孔有德一块投降了后金。耿精忠的爷爷东征西战，成为多尔衮不可多得的猛将，为清朝立下许多军功，顺治六年（1649年），耿仲明被封为靖南王，与吴三桂、尚可喜合称清初三藩。
耿精忠的父亲耿继茂也为大清立下许多汗马功劳，耿仲明畏罪吊死后，在顺治八年(1651年)耿继茂承袭其父的靖南王位，耿继茂卒后，在康熙十年（1671年）耿精忠袭靖南王爵。
耿精忠听说康熙帝坚决要削藩时，内心万马奔腾，怨恨满腹，想想自己祖上为大清流血立功，更是为了大清，自己的家族在汉族人群里已被骂地声名狼藉，到他这一代还没好好享受几天，就要被削藩剥夺权，他不甘心。
而在三藩中，只有耿精忠是皇亲国戚，他的老婆是豪格的女儿，康熙的堂姐妹，也就是说耿精忠是康熙帝的堂姐夫。耿精忠自以为康熙帝会看在亲情关系上不会削他这一支，当得知自己的想法完全错了时，就决定和康熙对抗到底。
在耿精忠的人生岔路口上，吴三桂积极地运作，他向耿精忠承诺，若造反成功，就让耿家世代割据福建称王。
耿精忠听吴了三桂的承诺热血沸腾，他看到在三藩中吴三桂的实力最大，就毫不犹豫地选择站队吴三桂。
当吴三桂反清时，耿精忠在福州积极响应，还联合台湾的郑经，形成一股强大的反清势力，震惊一方。
为了突显自己的忠诚，此时的平南王尚可喜并没有起来反清，他选择站在康熙的一边和吴三桂血战，一直到康熙十五年（1676年）他被儿子尚之信软禁起来后，才开始反。
当康熙得到耿精忠反叛的消息后，第一时间就关注到耿精忠在京城内的家室老小及他的弟弟们，接着立刻亲笔写信劝耿精忠回头是岸。这是康熙帝的高明之处，他太了解耿精忠了，耿家老大就是个鼠目寸光，墙头草一样的家伙，最容易招安，不过得需要时间和火候。
康熙帝拿出利害引导耿精忠：你跟着吴三桂造反，就算成功了吴三桂也是你的老大，吴三桂那么毒辣的一个人，会允许你同他分食？弄不好会把你杀了。就算吴三桂死在你前，人家儿子成群，也不会轮到你做老大，别忘了你的家人还在我手里呢！你若投降了，会继续让你镇守福建。
耿精忠根本不理康熙这一套。
他举兵攻陷浙江江山、平阳、金华、义乌、诸暨，深入浙东；陷江西石城，进逼宁都、赣州；一度攻陷安徽徽州、祁门，不到一年队伍扩大到10余万。
很快耿精忠和吴三桂发生矛盾，又同郑经貌合神离，一路的烧杀抢掠使耿精忠丧失民心，身后的清军步步为营各个击破，耿精忠的战斗力有些吃紧。康熙帝马上派人招降耿精忠，耿精忠诈降，并杀了范承谟以灭口，计划率水师外逃，就在清军马上就要兵临城下时，已暗投清军、重兵在握的耿精忠的亲信徐文焕，想法设法不让耿精忠出城，面对遮天蔽日的清军，耿精忠只好投降。
投降后的耿精忠从征剿灭郑经军，提出要戴罪立功，康熙帝恩准，心想，现在不利用耿精忠更待何时？
果然，耿精忠像个枪头子似的越战越猛，他打败郑军，接着又打败尚之信的军队，康熙帝命耿精忠驻守潮州，当耿精忠明白过来康熙帝招降他无非是“以夷制夷”的策略时，谋逆之心又萌发了。
可是，还没有等开花结果，就被部下出卖，被扔进大牢。“令法司按治，系精忠于狱”……
耿精忠被处死后，他的家人是如何逃脱灭顶之灾的?
清朝对谋反罪的处罚是十分严厉的，主犯会被处以极刑，诛族，从犯一般都会被发配到边疆，或是流放宁古塔为奴。
主犯的祖父父叔伯子孙 只要年满16岁)就同样会被处以极刑，其妻妾子女(子未满十五阉割)会被充官为奴，财产全部没收。就拿多尔衮来说，多尔衮被定为谋反罪，死了还要被挖出来鞭尸。
1、耿精忠的家人深知谋反的利害，选择和耿精忠断绝关系
耿精忠的家人长期生活在京城，接触的都是官宦之家，对大清律例惩罚的力度是十分地熟悉，他们深知谋反意味着什么，更不会对不可预知的谋反结果下赌注。
为保周全，当耿精忠的家人得知耿精忠要谋反，就立刻与耿精忠断绝关系，划清界限。
耿精忠的俩兄弟头脑机灵，听说耿精忠反叛，马上给耿精忠写信劝阻，让他赶紧回头。然后失魂落魄地领着子侄面见康熙帝请死，见无结果，就乖乖在家待命，一直以罪人身份闭门思过，他们一系列的做法解除了康熙帝对他们的疑虑。第二年康熙帝就宽恕了他们，还恢复了他们的官职。
“康熙十四年（1675），上念耿昭忠、耿聚忠未与耿精忠同谋，赦免其罪，复秩如故。”《清史稿》
2、耿精忠的两个弟弟属皇亲，一直反对耿精忠谋反
耿精忠有两个弟弟，他的二弟耿昭忠耿昭忠娶的是贝子苏布图的女儿，身份是和硕额驸；三弟耿聚忠娶的是柔嘉公主（顺治帝的养女）为妻，他是和硕额驸，在康熙十五年的时候被封为太子少保，后来加封太子太保，兄弟二人一直在康熙帝的眼皮子底下生活，并没做过任何出格的事儿。
康熙十四年，耿聚忠接受皇命去福州招降耿精忠、密筹迁移藩兵，立下功劳。
康熙招降耿精忠后，还重用耿昭忠封他为镇平将军，进驻福州，让他代耿精忠治藩政。期间耿昭忠尽职尽责，时刻关注耿精忠的动向，一直劝他不可谋反。
康熙十六年（1677），耿精忠被自己的部将徐鸿弼揭发，说他投降后还想着造反，耿昭忠听到后，立即向康熙帝弹劾揭发耿精忠部下总兵曾养性等十余人，康熙帝很满意。
第二年，耿精忠回到福州，康熙帝命耿昭忠以其祖父之丧还葬盖平。
康熙十九年（1680），康熙帝召耿精忠回京， 耿昭忠 、耿聚忠一看危险时刻又要来了，他们立刻疏劾耿精忠，说他有负皇恩，不配为人，该死！耿聚忠直言：“岂知冥顽负固，抗逆不悛，臣等疾首痛心，恨弗食其肉。”，他们还主动提出让康熙帝治罪自己的家人。
“精忠背恩为乱，违母周氏训，蹙迫以死，诬祖仲明与吴三桂在山海关时先有成约，请予显戮。”《清史稿》
1682年，康熙将耿精忠凌迟处死。耿聚忠又一次积极表示忠心，他马不停蹄前往福建，将耿精忠的家属带回京城，说耿精忠家属众多，自己养不了（意思就是撇清关系），请求康熙帝让他们披甲为奴，任凭康熙帝发落。康熙同意耿聚忠的请求，并将耿氏家族及其仆人编入汉军正黄旗，享受朝廷按月发放的银两，衣食无忧。
耿昭忠 、耿聚忠的一系列举动又一次让康熙帝看到他们的忠心和坚决与反臣断绝关系的决心，就彻底宽恕了他们。
“耿精忠磔死、籍没，耿昭忠、耿聚忠应连坐，以其曾疏劾耿精忠予免议。耿精忠既诛，昭忠、聚忠疏陈家属众多，艰于养赡，请如汉军例，披甲食粮。下部议，编五佐领，隶汉军正黄旗。”《清史稿》
3、康熙帝顾及自己的面子，没有株连耿精忠的家人
康熙帝考虑到三藩也是被自己逼反的，三藩尾大不掉，占据半壁江山，为了收回皇权，他不得不这样做，所以耿精忠反多少也有自己的责任，对于自己的皇姐，康熙还是顾及情面的，因而对于耿精忠的家人，不好株连。
耿精忠的两个弟弟耿昭忠、耿聚忠都是在耿精忠被诛后四、五年善终的，并均被赐予了谥号。耿聚忠病逝，以内大臣的规格安葬，并发放抚恤。
总结：
耿精忠的家人是非常聪明的，对于耿精忠的结局早就看透了，必死无疑。臣子谋反不管打着什么冠冕堂皇的旗号都是不得民心的，耿精忠的反叛本来就不得民心，还一路祸害劳苦百姓，不得善终也是咎由自明摆着的事儿。
康熙也是考虑到谁犯的罪理应谁去承担，耿精忠谋反理应被处死，对于他的兄弟及家人，他一直都在观察，监视着耿家每个人的表现，耿精忠的两兄弟的忠心他看得分明，他们不但未参与“三藩之乱”而且一直反对叛乱，他们始终站在康熙帝一边，助他平叛，在康熙眼里，功是功过是过，谁也无法替代谁，再加上自己堂姐的那层关系，因而，耿精忠所犯的谋反罪，康熙帝不好牵连到其家人。
耿精忠被诛后，其家属得到了妥善安置，被“编五佐领，隶汉军正黄旗”、“ 如汉军例”，“ 披甲食粮” 得以生存，相比算是最好的结局了；耿精忠的两个弟弟更是得到优待。