益生菌用于IBS治疗，效果如何？最全临床证据来了 | 热心肠日报

08月23日的《热心肠日报》，我们解读了 10 篇文献，关注：益生菌，IBS，药物研发，结肠炎，昆虫，生信，自身免疫病，FMT，肠梗阻。

International Journal of Surgery——[15.3]

① 纳入72项随机对照试验（涉及8581例参与者）进行三级荟萃分析，总结补充益生菌对肠易激综合征（IBS）的治疗效果；② 总体上，益生菌在改善IBS整体症状、腹痛和生活质量方面显著优于安慰剂，但结果存在显著异质性；③ 调节分析表明，治疗持续时间与效果呈反比，4周内的治疗效果明显更长时间的治疗效果；④ 芽孢杆菌和双歧杆菌的益生菌菌株治疗效果显著大于酵母菌株，芽孢杆菌菌株比其他菌株对腹痛的改善更好。

由于肠易激综合征（IBS）病理生理学的复杂性和疾病持续的长期性，膳食补充剂、益生菌等替代疗法被认为比药物治疗更加合适。但是，益生菌等补充剂常常面临“无害，可能有益”的难题，大量系统性综述和荟萃分析讨论了益生菌对IBS的影响，但由于纳入的试验的样本量、试验设计和偏倚风险等因素而缺少令人信服的结论。近日，International Journal of Surgery发表了一项荟萃分析的结果，作者通过三级荟萃分析方法对72项关于益生菌治疗IBS的随机对照试验进行分析，证实益生菌确实能够缓解IBS，并发现治疗持续时间和益生菌类型是影响治疗效果的重要调节因素。（@芥末）

Probiotics for the management of irritable bowel syndrome: a systematic review and three-level meta-analysis

2023-08-11, doi: 10.1097/JS9.0000000000000658

Gastroenterology——[29.4]

① 纳入2020年接受调查88607名成年美国人，按照罗马IV型肠易激综合征（IBS）诊断标准评估美国人IBS的患病率及其相关疾病负担；② 6.1%的参与者符合罗马IV型IBS，其中混合型、便秘型、腹泻型和不定型分别占到33.9%、33.6%、28.1%和4.4%；③ 其中，女性患IBS的几率较男性高，非西班牙裔白人的患病几率比少数族裔更高；④ 在三种主要的亚型中，68.2%~73.2%的参与者曾寻求治疗，53.8%~58.9%的人过去十二个月中曾寻求治疗。

肠易激综合征（IBS）是一种肠-脑相互作用障碍。荟萃分析估计美国人IBS的患病率在6%至16%之间。而按照罗马IV诊断标准的样本量相对较小的人群研究估计美国IBS患病率在4.7%至5.3%之间。近日在Gastroenterology发表的一项横断面研究中，为更加准确地估计美国人的IBS患病率，科研人员于2020年对美国近89000名成年人进行了更具代表性的全国性调查，发现美国IBS的患病率为6.1%，略高于此前的估计值。（@芥末）

Prevalence and Burden of Illness of Rome IV Irritable Bowel Syndrome in the United States: Results from a Nationwide Cross-Sectional Study

2023-08-16, doi: 10.1053/j.gastro.2023.08.010

ACS Nano——[17.1]

① 开发胃肠道微环境响应性藻酸盐多糖，将益生菌和抗炎药5-氨基水杨酸（5-ASA）封装成纳米胶囊；② 耐酸性藻酸盐涂层可保护益生菌免受胃部条件的影响，当到达pH>5的肠道时，涂层崩解并释放益生菌和5-ASA；③ 结肠炎小鼠模型中，益生菌恢复其生物活性，并与抗炎药5-ASA协同发挥作用，通过上调肠道菌群的丰富度和多样性、减少促炎细胞因子的表达及恢复肠道屏障，从而缓解结肠炎。

益生菌疗法是治疗肠道菌群失调的方法，但口服给药后其生物利用度和治疗效果有限。近日，西北工业大学李鹏、冯涛团队在ACS Nano上发表文章，成功开发胃肠微环境响应型益生菌和药物纳米胶囊协同治疗肠道疾病，为提高口服微生态制剂的治疗效果提供了广泛的方法。（@圆圈儿）

Gastrointestinal Microenvironment Responsive Nanoencapsulation of Probiotics and Drugs for Synergistic Therapy of Intestinal Diseases

2023-07-25, doi: 10.1021/acsnano.3c02646

Journal of Advanced Research——[10.7]

① 溃疡性结肠炎病人肠道中脱硫弧菌（DSV）丰度升高且结肠组织巨噬细胞焦亡过度激活；② DSV或其鞭毛蛋白（DVF）都能促进DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠的肠道炎症；③ DSV或DVF引起小鼠肠道巨噬细胞焦亡从而促进肠道炎症，细胞实验证明DVF诱导巨噬细胞焦亡促进炎症；④ 细胞基因敲除实验证明DVF通过NAIP/NLRC4炎症体引起巨噬细胞凋亡，丁香素抑制该反应；⑤ 丁香素靶向调节DVF引起的NAIP/NLRC4炎症小体的激活和细胞焦亡，从而缓解DVF引起的肠道炎症。

脱硫弧菌是人类肠道中最主要的硫酸盐还原菌（SRB），在溃疡性结肠炎（UC）患者中观察到过度生长。天津医科大学总医院消化科的曹海龙团队在Journal of Advanced Research发表文章，发现丁香素靶向调节DVF引起的NAIP/NLRC4炎症小体的激活和巨噬细胞焦亡，从而缓解UC。（@章台柳）

Targeting Desulfovibrio vulgaris flagellin-induced NAIP/NLRC4 inflammasome activation in macrophages attenuates ulcerative colitis

2023-08-15, doi: 10.1016/j.jare.2023.08.008

Nature Ecology & Evolution——[16.8]

① 追踪中国粉虱自然种群中爪哇虫草菌（C. javanica）和共生体立克次氏体（Rickettsia），发现Rickettsia从多尺度在频率和密度上与C. javanica呈正相关；② 施加C. javanica压力能明显抑制温室中粉虱密度，驱动Rickettsia在粉虱内的固定增加到100%；③ 暴露于 C. javanica孢子时，Rickettsia可抑制C. javanica的增殖并在粉虱中占据主导，从而提高粉虱存活率；④ Rickettsia可通过抑制增殖、传播和延缓死亡等，保护粉虱免受C. javanica的侵害。

病原体入侵宿主的最大挑战之一是微生物共生体，但病原体如何影响自然界共生体尚不清楚。江苏省农业科学院的郭慧芳在Nature Ecology & Evolution发表文章，在中国粉虱自然种群中，病原真菌爪哇虫草菌（C. javanica）会驱动共生体立克次氏体（Rickettsia）的定植，而Rickettsia则保护宿主免受C. javanica的侵害。（@章台柳）

Pathogens are an important driving force for the rapid spread of symbionts in an insect host

2023-08-10, doi: 10.1038/s41559-023-02160-3

Microbiome——[15.5]

① StrainScan可快速定位输入样本中可能存在的菌株簇，再结合更全面的菌株基因组特征，StrainScan能够从二代测序数据中精准高效且高分辨率地识别高度相似的细菌菌株并预测其相对丰度；② 在大量模拟及真实数据实验中，StrainScan都比现有的菌株识别工具有更高的准确率与分辨率；③ StrainScan还有很好的鲁棒性，在包含多个物种的复杂样本，低丰度样本以及新型菌株样本的菌株识别实验中依旧维持着较好的表现；④ StrainScan在计算上也十分高效。

香港城市大学孙燕妮团队开发了StrainScan,其在细菌菌株识别方面的准确性和分辨率均优于其它测试的工具，该工具可为致病菌株检测，菌株水平物种与功能分析，不同研究或数据集之间的meta分析提供十分有价值的信息。StrainScan源码已公开在GitHub：https://github.com/liaoherui/StrainScan。（@刘永鑫-农科院-宏基因组）

High-resolution strain-level microbiome composition analysis from short reads

2023-08-17, doi: 10.1186/s40168-023-01615-w

Nucleic Acids Research——[14.9]

① 开发了一个名为PLASMe的工具，用于从不同长度的组装contigs中识别质粒；② 通过将质粒序列编码为基于蛋白簇的token集定义的“语言”，Transformer可以通过位置编码和注意机制学习蛋白质的重要性及其相关性；③ 比较了Transformer和其他工具在检测完整质粒、质粒组装片段和从CAMI2模拟数据上的效果，PLASMe 均获得了最高的F1分数；④ 将其应用于真实的宏基因组和质粒组数据，通过检查常用的标记基因，结果显示PLASMe比其他工具表现更可靠。

香港城市大学孙燕妮团队开发了一种质粒检测工具（PLASMe），它充分利用了基于比对和学习的方法的优势：其中的比对组件可以很容易地识别已知质粒，而使用Transformer 模型可以识别远源的质粒，作者在Github上提交了相关代码，使用指南，和测试数据，网址为https://github.com/HubertTang/PLASMe。（@刘永鑫-农科院-宏基因组）

PLASMe: a tool to identify PLASMid contigs from short-read assemblies using transformer

2023-07-10, doi: 10.1093/nar/gkad578

Cell Reports——[8.8]

① 实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠肠道中CD4+T细胞会迁移至脊髓；② Cx3cr1+Ly6C+巨噬细胞在小肠积聚，诱导Th17分化激活，GPR35表达对巨噬细胞在小肠中的累积至关重要；③ 富含色氨酸代谢基因的肠道菌群与小肠上皮细胞协同作用产生犬尿酸募集GPR35+巨噬细胞，这在EAE中不可或缺；④ 通过补充益生菌丁酸梭菌可以减少肠道菌群衍生的犬尿酸途径，改善EAE病情；⑤ 色氨酸代谢基因EC:1.13.11.11对于EAE疾病活动是不可或缺的。

多发性硬化症是一种导致严重残疾的自身免疫性中枢神经系统疾病。近期研究表明肠道菌群与多发性硬化症的发病机制有关，然而特定的细菌类群及其代谢如何引发多发性硬化症的恶化，以及这些类群如何影响免疫的详细机制尚不清楚。Cell Reports最新研究表明色氨酸代谢产物犬尿酸通过募集GPR35+巨噬细胞，促进了小鼠自身免疫性脑脊髓炎的发生发展，本篇文章完善了菌群代谢物通过免疫细胞影响多发性硬化症的分子机制。（@RZN）

The gut microbiota-induced kynurenic acid recruits GPR35-positive macrophages to promote experimental encephalitis

2023-08-16, doi: 10.1016/j.celrep.2023.113005

Journal of Translational Medicine——[7.4]

① 纳入11例慢性疲劳综合征（CFS）患者（90%女性，平均42.2岁，CFS平均持续6.3年），1:1随机分为两组，粪菌移植（FMT）治疗组经结肠镜接受通用共体的粪便菌群，安慰剂组行自体FMT，随访6个月；② 与基线时相比，FMT组患者的1个月和6个月时的视觉模拟量表（VAS）得分、修正疲劳影响量表（MFIS）得分、EQ-5D-3L量表得分和5D测试得分均无显著改变，意味着患者疲劳程度和健康相关生活质量没有未得缓解或改善；③ 未发生FMT相关不良事件。

慢性疲劳综合征（CFS）是一种病因不明的慢性疾病，表现为持续或反复发作的疲劳，伴有多种神经及精神症状，如认知障碍、自主神经功能障碍等，患者的健康相关生活质量显著低于一般人群。CFS临床症状复杂，潜在病理机制尚未确定。有观点认为肠道菌群紊乱及生态失调与CFS的发生存在关系。因此，粪便微生物群移植（FMT）是否能够改善CFS是值得探索的。近日，Journal of Translational Medicine发表了一项探索性临床研究结果，在小规模CFS患者队列中，FMT没有缓解CFS患者的疲劳症状或改善健康相关生活质量。作者认为数量有限的研究对象数量限制了该结果的普遍性，更进一步的更大规模试验可能仍是必要的。（@芥末）

Randomized, double-blinded, placebo-controlled pilot study: efficacy of faecal microbiota transplantation on chronic fatigue syndrome

2023-07-29, doi: 10.1186/s12967-023-04227-y

Lancet Gastroenterology & Hepatology——[35.7]

① 评估199例恶性肠梗阻患者，49例为随机组，150例为患者选择组，分别为24和58例手术治疗，25和92例非手术治疗；② 两组内的身体良好天数无差异，随机组的手术和非手术患者分别平均42.6和43.9天，患者选择组的手术和非手术患者平均54.8和52.7天；③ 相比非手术组，手术组的良好天数增加2.9天；④ 首次住院期间共6例死亡，5例因癌症进展，1例因并发症，最常见的3-4级恶性肠梗阻治疗并发症是贫血；⑤ 手术或非手术治疗不影响患者91天内的良好天数。

恶性小肠梗阻预后不良，并伴有多种相关症状。最佳治疗方法通常不清楚。Lancet Gastroenterology & Hepatology近期发表的文章，报道了一项比较手术和非手术治疗对恶性肠梗阻疗效的试验，研究结果发现，患者接受手术还是非手术治疗方法并不影响患者 91 天内的良好天数。这些发现可为因恶性肠梗阻住院的患者的治疗决策提供参考。（@章台柳）

Surgical versus non-surgical management for patients with malignant bowel obstruction (S1316): a pragmatic comparative effectiveness trial

2023-08-01, doi: 10.1016/S2468-1253(23)00191-7

感谢本期日报的创作者：Akkk，芥末，圆圈儿，YANG WEI，Jack Chen，刘永鑫-农科院-宏基因组，Jadon，阿当