原型故事《三大队》片尾字幕明确标注，电影的原型故事来自一篇新闻报道《请转告局长，三大队任务完成了》。
电影主角名字未改，程兵，两个罪犯的名字也没改，王大勇和王二勇。
除此之外，电影《三大队》对比原型故事还有至少九处明显改编。
一、遇害女孩
原型故事里遇害17岁，因为生病偶然回家休息，不幸遇到两个盗窃犯被捂晕之后受到侵害，她醒来的时候大声喊叫，被丧心病狂的盗窃犯拿一个铜制摆件砸成重伤，脑部受到重创成为植物人。
电影《三大队》里的犯罪过程和原型故事基本一样，只是将女孩年龄改为十四岁和程兵女儿岁数相仿，她刚获得奥数比赛奖项，歹徒就是用她的奖杯将女孩砸死。
原型故事是入室盗窃改抢劫、强奸致人重伤，电影则是入室盗窃、强奸杀人，案情变重了。
二、王大勇之死
原型故事中，罪犯之一的王大勇再次犯案时被群众抓住遭到群殴，当警察将王大勇抢回队里时他的面部已经被打得快认不出来了。
三大队几位警察对王大勇“上了手段”，程兵首先给了他重重一拳，其他警察也都使用了各种手段，连拖把杆都打断了三根，王大勇上厕所后突然全身抽搐瘫在地上，没等到医生到来就死了，法医鉴定死于重度颅脑损伤和肝肾功能衰竭。
王大勇之死存在一个问题，他的颅脑损伤到底是群众殴打所致还是三大队上手段导致的，要知道警察都很有经验不会给头部上手段。
但是，王大勇毕竟死在刑警队，三大队为此几乎全军覆没，除了五人被判刑外，其他涉及刑讯逼供的人都脱了警服。
电影《三大队》里王大勇被群众群殴看起来并不重，他主要还是在三大队被打死的。
三、老张
原型故事里三大队有一位老张，他在审讯王大勇那天晚上一直在值班，没有参与到审讯过程中，因此他成了三大队硕果仅存的一名成员，案发后他也被转岗到了派出所。
电影《三大队》里的老张是程兵的师父，他年纪大了没追上王二勇，发病后在医院去世，他的去世激怒了三大队成员们，也成了打死王大勇的另一个诱因。
四、下跪
在原型故事里，当三大队主要成员因刑讯逼供被抓后，公安局领导恳请检察院能够考虑到王大勇案情重大且特殊，对三大队涉案人员从宽处罚，检察院拒绝了。
王大勇所犯两个案件的受害者家属也曾到检察院为程兵等人求情，被害女孩的父母带着亲属甚至跪在了检察院门口，但检察院同样拒绝了。
电影《三大队》中舍去了局领导和受害人家属求情的过程，将受害女孩父亲下跪改在了程兵出狱之后，下跪对象也改成了程兵本人。
虽然我们同情程兵他们同时痛恨犯罪分子，但刑讯逼供就是刑讯逼供，该判就要判，原型故事里的检察院没有任何问题，电影改编也没有问题。
五、杨局长
原型故事里的局长是主管刑侦的杨副局长，他在刑讯逼供案发后引咎辞职，但程兵当初立下的五日破案军令状是向杨副局长立的，所以程兵在抓获王二勇之后请民警转告杨局长，三大队任务完成。
电影里则将杨局长这个角色拆成了两个人，原来的局长退休了，继任的杨局长是当年的二大队队长，和程兵是同事，这个改编增加了故事的戏剧性，也让观众更同情程兵，但感觉在情绪上不如原型故事更感人。
六、擦肩而过
原型故事里程兵在各地做过快递员、出租车司机、空调维修工、送水师傅、夜摊老板、网吧网管和小区保安等职业，每个职业都是在获得一定线索的情况下有的放矢。
王二勇落网后，对比他和程兵的经历，发现他们四处流浪的从业经历非常相似，他们最近的时候几乎是擦肩而过，在重庆一家空调维修公司里，王二勇离职的当天程兵入职，可惜没有碰到。
电影《三大队》里程兵和队友们一直在追踪王二勇，在湖南长沙有一次慢了一步，直到程兵最后醒悟，王二勇应该是那个换了名字的人，这才追到最后。
电影没有把戏剧化的擦肩而过拍进去，估计也是想凸显程兵的坚持，大海捞针一样的追逃更能表现其精神的伟大。
七、没有报警
原型故事里当程兵当送水工时发现王二勇时，他没有选择报警而是突然和王二勇扭打在了一起，其实他们俩之前见过几次，但程兵认出了王二勇，王二勇没认出程兵。
当程兵将王二勇放倒在地上时，王二勇的邻居报了警，警察赶来将两人一起带进派出所盘问，结果光王二勇的身份确认就花了二十个小时，直到确认他就是在逃凶手。
后来有人问程兵为什么不选择更省事的报警，非要亲自抓，程兵回答他当初是向杨局长保证亲手抓到王大勇和王二勇。
电影《三大队》里程兵在抓住王二勇之前选择了报警，他并没有告诉警察王二勇的身份，在王二勇即将走出派出所的时候DNA识别系统报警才让王二勇被抓，电影的改编增强了一些戏剧性和突然性。
八、程兵复婚
原型故事里程兵入狱后就和妻子协议离婚，出狱后他孑然一身拒绝了安排工作孤身追凶四年，当抓到王二勇了却心愿之后，他的妻子选择和他复婚，两人带着女儿前往北京居住并开了一家青少年兴趣培训班，这个结局是美好的。
电影里剧情显示程兵应该也是和妻子离婚了（蔡彬说他们俩情况一样），女儿对他的态度比较冷淡，但在程兵最后一次去外地时，女儿追到车站，添加了他的联系方式给他发了一张全家福希望他平安回家。
这个剧情也在暗示，当程兵最后完成心愿后，他会重新和家人在一起，这个结局同样让人感动。
九、一个和五个
《三大队》对比原型故事最明显的改编就是追凶人数，原型故事里始终只有程兵一人在四处追寻王二勇，没有其他人帮忙，在这四年里他也没告诉其他人他到底在干什么。
按照有关规定，程兵必须定期回到原籍派出所报到，他每次都没耽误，民警问他在干什么他也如实相告，民警非常不解，他好歹有大专学历也当过刑警队长，为什么老是在一些中小城市里干杂活。程兵解释自己只是为了寻求比较自由的生活状态。
直到抓住王二勇，程兵这四年的经历才被他的朋友们得知。
电影《三大队》则是原来的五位同时被判刑的同事合作追凶，每个人从事的都是原型故事里程兵干过的职业，夜摊老板、小区保安、出租车司机和网吧网管等。
但是，四位老同事先后退出了追逃小组，最后只剩下程兵一人，每个人退出的原因都非常现实，有为了老婆的，有为了儿子的，有为了结婚的，还有因为身体的。
之所以电影做了如此大的改编，除了增加了戏剧性让电影更好看之外，一方面可以通过几位队友的悲催现实反映程兵遇到的困难，毕竟他也会遇到很多现实问题。
另一方面则是通过队友的不断退出凸显自费追逃前景的渺茫，更能表现出程兵坚持不懈的精神，这个改编无疑是成功的。