在《沙丘2》电影最后，保罗迎娶公主登上王座，挚爱契尼却远走沙漠，之后保罗发动了对各大家族的战争。
不过《沙丘3》的剧情并不会着重描写保罗和各大家族的战争，而是讲述保罗统治帝国12年后，一场将他拉下神坛的阴谋！
在《沙丘2》中，保罗抗拒成为传说中的魁萨茨•哈德拉克，抗拒任由他预知中的未来发生，就是因为他知道在他登上王位后，宇宙间将会发生一场连保罗自己都无法控制的圣战。
而这场圣战直接导致了90颗行星被毁灭，610亿人丧生！
如今保罗已经统治了帝国12年，保罗已然成为了人们心中的神，但是保罗却越来越疲惫！
在保罗统治帝国之前，姐妹会控制着皇帝的决策，宇航工会掌控着金钱，这两大势力左右了帝国千百年。
保罗登上王座彻底打破了旧秩序，控制香料拿走了宇航工会的大部分股份也就控制了金钱，圣母海伦则被直接赶回了姐妹会的母星：寒冷的瓦拉赫九号行星。
如今一场计划把保罗拉下神坛的密谋正在瓦拉赫九号行星进行。
密谋者分别是宇航工会的领航员埃德雷克，姐妹会的圣母海伦，变脸者斯凯特尔以及保罗的皇后伊如兰公主。
先说领航员埃德雷克。
保罗拥有预知未来的能力能够看到幻象，要想在保罗眼皮底下搞小动作，领航员埃德雷克的能力是必不可少的。
因为工会宇航员的职业需要，他们会服用香料得到短暂的预知能力，从而屏蔽保罗的预知。
然后是姐妹会的圣母海伦。
姐妹会长达数万年的育种计划，最终诞下一个受姐妹会控制的天选之人的计划被保罗彻底打破。
圣母海伦除了提供密谋的场地，继续操控皇室血脉和基因就是她最大的目的。
这就要说到第三个密谋者：伊如兰公主。
虽然如今伊如兰公主是保罗名义上的皇后，但是他们俩有夫妻之份无夫妻之实，保罗会娶她完全为了是登上王座取得法理上的正统。
保罗真正爱的人依然是在他最落魄的时候遇到的那个弗里曼女孩：契尼。
伊如兰公主的目的很简单，为保罗生下孩子，成为下一任皇帝的母亲。所以伊如兰公主一直在给契尼偷偷下避孕药。
伊如兰公主也是姐妹会的一员，可以和保罗诞下子嗣是圣母海伦喜闻乐见的，不过圣母海伦还有个更疯狂的想法，那就是保罗和妹妹厄莉娅延续出更纯正的血脉。
最后是整个计划的实施者：变脸者斯凯特尔。
变脸者顾名思义拥有可以易容成任何人模样的能力。不过更关键的是，他们所在的特莱拉星掌握着克隆和基因改造技术。
于是保罗厄崔迪家族最忠诚的家臣：剑术大师邓肯再次登场！
当年保罗逃亡时，邓肯舍命相救，后来特莱拉人从宇航工会手中买来了邓肯的尸体，然后进行克隆改造成了一个拥有人型计算机门塔特能力，却没有原本记忆的全新邓肯。
整个计划是这样的：
第一步，由领航工会的埃德雷克将邓肯送给保罗。
第二步，让一个中间人想办法接近邓肯，激活埋藏在邓肯身体里的指令。
第三步，当保罗对邓肯说出“她走了”这三个字的时候，邓肯会拿出匕首刺向保罗的身体。
但是他们还是低估了保罗全知全能的实力，以及埋藏在保罗内心最深处的想法。
计划第一步很成功，保罗顺利收下了邓肯。
因为领航员埃德雷克的屏蔽能力，保罗知道这四个人聚在一起谋划，却不知道具体谋划的内容。
不过他很清楚要在这场权利的斗争中胜出，首先要做的就是瓦解敌人。
于是保罗找到了圣母海伦，他同意和伊如兰公主诞下子嗣的要求，如此一来四人密谋小组一次解决掉了一半。
但是意料之外的事还是发生了。
保罗的挚爱契尼发现了伊如兰公主给自己偷偷下避孕药的事，她按照长老的建议，服用了大量香料，恢复了生育能力。
其实保罗早就在预知里看穿了伊如兰公主的小伎俩，保罗之所以没有拆穿她，是因为在保罗的预知中他还看到了契尼的结局：那就是契尼会生下他们的孩子，然后难产而死。
保罗不希望自己的挚爱就这么离自己而去，却又无能为力，保罗唯一能做的就是让这个悲剧来的晚一点。
但是如今随着契尼知道真相，保罗很清楚这一天终究还是要来了！
继续计划的第二步。
沙漠星球厄拉克斯的弗里曼人有一个梦想，那就是把这颗沙漠星球改造成一颗绿色星球。
保罗登上王位后按照约定，帮弗里曼人实现了这个梦想，但是如今却有一小撮守旧的弗里曼人开始渴望以前的生活，于是组成了一支反抗保罗的敢死队。
四人组中的变脸者斯凯特尔干掉了一名敢死队成员，然后变成了他女儿的模样，去面见了保罗，说自己的父亲在家中想要见他。
其实保罗早就知道了这是一个圈套，但是保罗还是一个人去了，在那里保罗见到了一个侏儒，在他的身上有着全部弗里曼反抗成员的名单。
当保罗让人将侏儒带走后，这里发生了熔岩爆炸，保罗也在爆炸中失去了双眼。
按照当地弗里曼人的习俗，盲人将被遗弃在沙漠，不过保罗毕竟有着预知的能力，这一刻预知成为了他的眼睛。
至于那个侏儒交出了名单，而他也得以有机会接近邓肯。
而这个侏儒其实就是计划中的那个中间人，而他也顺利激活了埋藏在邓肯体内的指令！
来到计划第三步。
保罗的挚爱契尼生产的日子终于到了，随着一阵哀嚎，契尼也如保罗预言中的那样难产而死。
早在幻想中看了无数遍的结局终于在现实中重现，保罗平静的说出那句：她走了！
一瞬间邓肯的指令被激活，他一边喊着小主人快跑，一边控制不住自己的身体抽出匕首要刺向保罗。
最终，邓肯顽强的意志还是战胜了指令，邓肯恢复了原来所有的记忆，邓肯真正的复活了！
和保罗预知里不同的是：契尼为他诞下的孩子不是一个，而是一男一女一对龙凤胎！
因为契尼生前服用了香料，这两个孩子从出生那一刻就拥有预知未来以及共享记忆的能力。
值得一提的是保罗的儿子在不久的未来将会变成半人半沙虫的怪物，之后成为沙丘神帝，统治宇宙近4000年！
如今随着保罗孩子的诞生，保罗也失去了预知未来的能力，成为了真真正正的盲人。
密谋四人组的阴谋因为邓肯的复活而失败，不过他们还有后招。
变脸者斯凯特尔向保罗提出了一个极具诱惑的交易。
那就是他们可以像复活邓肯一样复活契尼，而条件是宇航工会的股份！
保罗明知是陷阱依然以身犯险，显然如今斯凯特尔提出的这个建议并不是他要的故事走向，保罗手起刀落了结了变脸者斯凯特尔。
而邓肯则干掉了那个侏儒，之后保罗的妹妹厄莉娅秘密处死了姐妹会的圣母海伦和领航员埃德雷克。
最终，双目失明失去预知能力的保罗遵循弗里曼人的传统，放弃王位放弃所有的一切，独自走入沙漠，在那一刻他自由了！保罗彻底自由了！