高分Nature子刊：汇集全球玩家力量，助力肠道微生物研究 | 热心肠日报

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Nature Biotechnology——[46.9]

① 通过在大众商业视频游戏《无主之地》中内置公众科学小游戏《边境之地科学》（BLS），利用游戏玩家的力量进行肠道细菌16S核苷酸序列的亲缘比对，以改善微生物系统发育研究；② 自2020年4月7日发布以来，超过400万玩家解决了1.35亿个科学谜题，这些谜题涉及对人类微生物组研究中获得的100万个16S rRNA序列进行多重序列比对；③ 基于玩家的比对结果满足输出高质量的多重序列比对结果，相较目前其他算法改善了树结构、从头的系统发育估计、UniFrac效应大小和16S rRNA 结构支持；④ BLS相较之前的公众科学游戏表现出不依赖于专家游戏玩家贡献，删除10%的最活跃玩家数据仅降低了14%的结果表现。

Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game

2024-04-15 , doi: 10.1038/s41587-024-02175-6

Science Advances——[13.6]

① 本研究构建了婴儿肠道微生物群的数字孪生模型（Q-net），可从少量初始观察样本中预测微生物群落的动态变化，并探讨了肠道菌群失衡对婴儿神经发育的影响；② 利用88名早产儿的16s rRNA谱（398份粪便样本和91个微生物类别的32942个丰度估计），Q-net模型准确预测了微生物丰度动态，预测准确度R2值为0.69；③ 通过比较正常发育与发育不良婴儿的Q-net拟合度，可以可靠地估计个体缺陷风险（Mδ），并在30周月经龄时确定未来头围增长不良的婴儿，其AUC约为76％，在98％特异性下，95％±1.8％的阳性预测值；④ 早期菌群移植可能降低大约45.2%早产儿群体的发育迟缓风险，但错误的补充可能产生负面效果。

A digital twin of the infant microbiome to predict neurodevelopmental deficits

2024-04-10 , doi: 10.1126/sciadv.adj0400

Autophagy——[13.3]

① 浙江大学/华南农业大学黄耀伟、王斌团队与合作者发现肠道冠状病毒非结构蛋白2（nsp2）是一种毒力决定因子，通过招募NBR1促进TBK1的自噬降解，减弱宿主的先天免疫反应；② nsp2缺失导致猪流行性腹泻病毒（PEDV）在体外复制减少；③ nsp2缺失导致PEDV完全失去致病性，且在新生仔猪的多种肠道组织中显著增加IFNB和IFN刺激基因的产生；④ 机制上，nsp2通过诱导巨自噬/自噬过程并招募NBR1，促进TBK1的K48连接泛素化，进而导致TBK1在自噬体中被降解；⑤ 本研究为开发基于nsp2的减毒PEDV疫苗提供了新思路，也为其他病原性冠状病毒的预防和治疗提供了新见解。

Enteric coronavirus nsp2 is a virulence determinant that recruits NBR1 for autophagic targeting of TBK1 to diminish the innate immune response

2024-04-10 , doi: 10.1080/15548627.2024.2340420

Journal of the American Society of Nephrology : JASN——[13.6]

① 以两个社区为基础的前瞻性队列中，纳入10564名参与者，通过靶向质谱技术测量TMAO，并使用肌酐和半胱氨酸估算肾小球滤过率（eGFR）；② 中位随访9.4年期间，共发生979起慢性肾病事件（CKD），相比最低水平组，TMAO水平较高的参与者CKD发病风险和eGFR年度下降幅度均呈剂量-反应关系；③ 这些关联在不同种族和族裔群体中均保持一致，且与已知CKD风险因素相比，TMAO对eGFR下降的影响相似或更大；④ 本研究结果表明，监测TMAO水平对于预测CKD风险和肾功能下降具有潜在价值。

The Gut Microbial Metabolite Trimethylamine N-oxide, Incident CKD, and Kidney Function Decline

2024-04-09 , doi: 10.1681/ASN.0000000000000344

Nature Communications——[16.6]

① 识别到多种由共生菌代谢产生的二吲哚分子，其可作为组成型雄烷受体（CAR）的特异激动剂；② 通过多种生物物理分析表明，这些二吲哚分子与CAR的亲和力可与合成激动剂相媲美，并能激活啮齿动物和人类的CAR同源体；③ 二吲哚分子二吲哚甲烷（DIM）和二吲哚乙烷（DIE）能在人类原代肝细胞和小鼠肝脏中选择性上调CAR靶基因，且不引起显著副作用；④ 这些发现为理解肠道微生物组与宿主生理间的复杂相互作用提供了新见解，同时为疾病治疗提供了新工具。

Diindoles produced from commensal microbiota metabolites function as endogenous CAR/Nr1i3 ligands

2024-03-22 , doi: 10.1038/s41467-024-46559-3

Nature Communications——[16.6]

① 本研究鉴定发现Akk菌的一种新型分泌蛋白Amuc_1409，可通过调节肠道干细胞，显著促进肠道健康；② 肠道类器官和小鼠模型中，Amuc_1409可增加肠道干细胞的增殖与再生，有效应对辐射或化疗药物引起的肠损伤及自然老化；③ 机制上，Amuc_1409通过与E-钙黏蛋白相互作用，促进E-钙黏蛋白/β-连环蛋白复合体的解离，激活Wnt/β-连环蛋白信号通路；④ 本研究揭示了Amuc_1409在维持肠道稳态中的关键作用，并指出其作为一种有前景的生物分子，有助于改善和维持肠道健康。

The secreted protein Amuc_1409 from Akkermansia muciniphila improves gut health through intestinal stem cell regulation

2024-04-06 , doi: 10.1038/s41467-024-47275-8

Cell Reports——[8.8]

① 研究发现肠道细菌肽聚糖类代谢产物能够促进哺乳动物线粒体功能，为治疗线粒体疾病提供了新思路；② 人肠道上皮细胞中添加肽聚糖胞壁肽，导致其氧化呼吸和ATP产生增加，并降低氧化应激；③ 胞壁肽处理可恢复线粒体病患者来源成纤维细胞的线粒体结构和功能，抑制多种病理表型；④ 小鼠中，胞壁肽在肠道上皮细胞的线粒体中积累，通过调节能量代谢促进小肠稳态和营养吸收；⑤ 胞壁肽可直接结合ATP合酶，稳定该复合物并促进其酶活性，揭示其作为ATP合酶激动剂在维持线粒体稳态中的作用。

Bacterial muropeptides promote OXPHOS and suppress mitochondrial stress in mammals

2024-04-06 , doi: 10.1016/j.celrep.2024.114067

Science Translational Medicine——[17.1]

① 这项研究发现手术部位感染的细菌大多来自患者自身，其抗生素耐药性与患者术前的抗生素抗性基因有关；② 研究以植入式脊柱手术作为清洁皮肤切口的模型，对204名患者的术前皮肤微生物组与术后感染菌株进行分析，发现86%的手术部位感染是由多种细菌物种组成，源自术前菌株；③ 1610名患者的数据集显示没有共同感染来源的证据；④ 多数手术部位感染菌株（59%）对手术期间使用的预防性抗生素具有抗药性，感染菌株的抗药性表型与患者术前抗生素抗性谱（resistome）相关性显著（P = 0.0002）；⑤ 研究强调了根据个体患者术前微生物组和抗性谱定制手术部位感染预防策略的重要性。

Contribution of the patient microbiome to surgical site infection and antibiotic prophylaxis failure in spine surgery

2024-04-10 , doi: 10.1126/scitranslmed.adk8222

Nature Communications——[16.6]

① 本研究通过分析皮肤损伤后的肠道和粪便菌群以及表皮中透明质酸酶的表达，发现皮肤损伤可引起肠道菌群失调并影响宿主对结肠炎的易感性；② 皮肤损伤或皮肤透明质酸的消化会导致结肠中宿主防御基因Reg3和Muc2表达增加，并改变肠道细菌的组成和行为；③ 尽管皮肤损伤后，由于粘蛋白和Reg3的增加而使得细菌总数减少，但剩余的细菌穿透粘液层和穿透结肠上皮的能力增加；④ 细菌穿透肠上皮并加剧由葡聚糖硫酸钠（DSS）引起的小鼠结肠炎；⑤ 将皮肤损伤的小鼠粪菌移植给无菌小鼠，发现无菌小鼠肠道炎症加剧，而通过口服抗生素可以缓解与皮肤相关的结肠炎。

Dermal injury drives a skin to gut axis that disrupts the intestinal microbiome and intestinal immune homeostasis in mice

2024-04-08 , doi: 10.1038/s41467-024-47072-3

Food and Function——[6.1]

① 江南大学张烽、赵伟团队发表研究，报道了全球首个内服+外用益生元低聚木糖（XOS）的双重干预调节肠道菌群以改善皮肤衰老的临床研究；② 77名受试者完成这项双盲随机安慰剂对照试验，探究持续8周的口服和/或局部涂抹XOS干预对女性面部皮肤衰老的影响；③ 单独口服XOS可促进皮肤健康，但双重干预效果更佳；④ 双重干预可显著提高面部皮肤年轻化的受试者比例，并减少面部毛孔；⑤ 干预可改变皮肤菌群结构，与仅口服或外用干预相比，双重干预更有效地降低皮肤上的皮肤杆菌属（Cutibacterium）丰度，且只有双重干预可使肠道中的双歧杆菌属富集；⑥ 双重干预导致参与果糖从头合成脂质的果糖-1-磷酸激酶K02770减少，表明抑制亲脂性皮肤杆菌属或可缩小面部毛孔；⑦ 该研究表明双重XOS干预是改善肠道和皮肤菌群及面部皮肤衰老的有效方法，为理解肠-皮肤轴影响皮肤衰老提供了新视角。

Dual intervention on the gut and skin microbiota attenuates facial cutaneous aging

2024-03-25 , doi: 10.1039/d3fo05473j

① 4月15日，MaaT Pharma在第50届欧洲血液和骨髓移植学会（EBMT）年会上，公布了MaaT013治疗胃肠道急性移植物抗宿主病（GI-aGvHD）的最新积极数据；② 研究结果显示，接受MaaT013治疗的患者在18个月时总生存率（OS）达到42%，显著高于已发布的历史数据；③ 对MaaT013产生应答的患者的OS显著高于无应答的患者；④ MaaT Pharma目前正在进行一项关键性的3期临床试验，评估MaaT013在对皮质类固醇和ruxolitinib耐药的GI-aGvHD患者中的效果；⑤ MaaT013是一种源自供体的微生物组生态系统疗法，该疗法合并了多个供体的样本，含有已知能产生抗炎短链脂肪酸的细菌种类。

April 15, 2024: MaaT Pharma Presents Positive 18-month Data for MaaT013 Showing a Clear Overall Survival Advantage in aGvHD from the Early Access Program at the 2024 EBMT Event

2024-04-15 , Maat Pharma

① 4月11日，美国合成生物学上市公司Ginkgo Bioworks宣布收购植物微生物组公司AgBiome的平台资产，具体财务条款未披露；② 收购的资产包括11.5万个完全测序和分离的菌株、超5亿个独特的基因序列、相关的功能数据和元数据以及AgBiome的资产组合；③ 此次收购将会使Ginkgo平台成为最深入和最先进的农业生物发现和开发平台之一，也会为开发生物学人工智能模型提供丰富的资源；④ 此前，AgBiome搭建了专业技术平台Genesis Discovery，上市了Howler 和Theia 2款农业杀菌剂，曾获得先正达、孟山都等投资，共募资超2.5亿美元（约合人民币18.09亿元）。

从先正达、孟山都押注、募资超2.5亿美元到「被迫卖身」，回顾微生物组明星公司12年发展史

2024-04-12 , 生辉SynBio

① 近日，北京艾克伦医疗科技有限公司宣布其胃癌早筛产品艾为定获得国家药品监督管理局（NMPA）三类医疗器械注册证；② 艾为定是首个胃癌三基因（Reprimo/TCF4/SDC2）甲基化检测试剂盒（PCR-荧光探针法），主要用于胃癌的辅助诊断；③ 临床试验显示，艾为定具有92.07%的特异性、80.77%的灵敏度和88.52%的总符合率；④ 该产品通过检测5mL外周血样本，具有无痛无创、安全、简便、准确率高等优势；⑤ 此外，艾克伦医疗还有基于甲基化的肺癌检测产品艾菲明和结直肠癌检测产品艾长卫，均已获得NMPA 三类医疗器械注册认证。

首个胃癌三基因早筛产品，重磅获证！

2024-04-15 , IVD资讯

① 4月10日，美敦力宣布推出新一代软件ColonPRO，服务于GI Genius智能内窥镜系统，旨在提高患者护理效果；② 同时，美敦力宣布与医疗保健电子技术公司Modernizing Medicine达成合作，其gGastro EHR软件将与GI Genius系统集成，提供文档解决方案；③ GI Genius是首个商用计算机辅助检测（CADe）系统，使用AI技术实时检测结肠病变，准确度高，误报率低；④ 新软件ColonPRO在息肉检测方面实现重大飞跃，引入新算法，数据集扩大2倍，误报率减少9%，并支持第三方应用程序开发；⑤ FDA已于2021年4月批准了GI Genius系统的de novo许可，该系统还在欧洲获得了CE认证，已在亚洲、澳大利亚和中东部分市场上市。

达成合作！美敦力将推出智能内窥镜软件

2024-04-15 , 思宇MedTech

① 近日，深圳至秦仪器有限公司完成数千万元A+轮融资，融资由合肥肥西产投、合肥创新投和深圳君盛润石共同投资；② 资金将用于至秦至秦仪器总部、研发和生产基地建设等投资；③ 至秦仪器专注于小型便携和大型质谱仪产品的研发，已申请发明专利50余项，产品广泛应用于食品、药品快检等领域；④ 目前，至秦仪器已与中国食品药品检定研究院等产品开发应用单位建立了紧密的合作关系。

至秦仪器完成数千万元A+ 轮融资，加速打造国产小型质谱仪

2024-04-15 , 动脉网

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