很多人可能万万想不到，目前肠道菌群研究其实是“粑粑菌群”研究，也就是针对便便里的微生物的研究。全球的肠道科学家，正前仆后继地在粑粑里挖宝，希望实现让人类和动物更健康的目标。
一批又一批的顶尖成果就是这样取得的，但这里面有一个很大的bug，那就是便便只是在消化道最末端排出来的“终产品”，消化道（包括其中的肠道）很长，每一段里的微生物都是跟便便里的一样吗？
2020年11月18日，王军军、魏泓、赵江潮三位教授领衔，在 Microbiome 期刊发表文章说，猪里不同肠段的微生物物种截然不同，定植能力和功能也都不同。
用猪去做研究，伦理要求比人低很多，甚至可以“杀猪取菌”；而针对人的研究，则严重受限于取样，除了极少数利用大体捐赠者或犯罪现场标本做的，几乎取不到粪便之外的样本。
事实上，能在人肠道原位取样的方法，刚刚于去年（2023年）在 Nature 和 Nature Metabolism 上被报道，其实也只能在4个位点取到样本。
即便以后有更好的方法，可以在肠道里随意取样，但也还有一个关键性的问题。那就是菌群在肠道里是高度变化的，采到的样本只能代表采集那一时刻的样子，就像相机快门按下，只是一张照片，而不是动态情况。
事实上，菌群跟你一样，会随着生物钟而改变。
因此，我们绝不能否认之前研究所取得的重大突破和意义；但同时也要意识到，99.99%的研究取的是便便样本，是有局限性的，可能带来许多不靠谱的结论。
此外，还有一些重大关键问题仍旧没有解决得很好，比如，健康的微生物组到底长什么样？怎样的菌群结构是好，怎样是坏，没有公认标准，所谓“菌群失调”可能是个伪命题。再比如，之前大部分研究只关注了细菌，人类对肠道的真菌、噬菌体、古菌、原生生物等微生物的了解还比较有限。
较为全面的人类肠道噬菌体的基因组数据库是2021年2月才在 Cell 发布的。
而相对系统研究原生生物的文章是去年（2023年）12月才在 Cell 发表。
据我所知，迄今最系统介绍肠道真菌的文章，下个月可能会由中国团队在顶刊发表，大家拭目以待吧！
回到正题，我们对肠道菌群的了解确实还非常有待加深！
一些矛盾的结果也值得我们关注，比如不少文章说嗜黏蛋白阿克曼氏菌（AKK菌）牛，有益；但是也有研究显示AKK成为坏蛋，并非无害。不单单是AKK菌，很多菌（包括一些益生菌）都有正反不一的研究结果。
还有特别要注意的就是，在动物身上的有效研究，在人身上则未必有效。美国 Synlogic 公司的团队，把动物实验结果发表在了最顶尖的期刊，但是在人身上做研究，完败！公司已经宣布关门，令我嘘唏不已。
因为各种原因，还有不少不靠谱的。比如，同一份样本送到不同检测公司，给出来的报告截然不同，说明样本处理、检测、质控、解读都不成熟；不少菌群干预方法，比如一些益生菌，可能是在“盲打”，并没有特别多的数据和循证支撑，非但无益，可能还带来一些风险。
所以，尽管肠道菌群领域取得了令人瞩目的发展，但我们依然需要极其客观冷静地知道这个领域的不成熟、不靠谱。当然，科学家和产业界都在不断地探索，更多分子机制被揭示，更多因果关系被确立，更多循证证据被积累，这些都在促进领域的成熟和靠谱。