嘉靖三年七月二十日“左顺门廷杖”后，明世宗为自己的生父加尊号“皇考恭穆献皇帝”，从宗法上认回了自己的父亲朱祐杬(之前需加“本生”二字)。这标志着明世宗获取了“大礼议”的胜利，但对世宗来说“革命尚未成功”。
嘉靖四年世宗开始了更一步的“尝试”。当年平凉主簿何渊上疏，建议世宗参照周礼为献皇帝“立世室”，以便在太庙祭祀皇考。结果举朝震惊，连嘉靖的铁杆张熜都骂何渊“骇四海之人心”，为什么呢？
明朝的太庙基于周礼采用了“九庙”制度，即太庙中最多奉安九位先皇神主。当神主数量超出时，除享受“百世不祧”的神主，其余需按血缘远近依次移至祧庙 -- “亲尽而迁”。
朱百六因被朱元璋钦定为始祖（之前都是开国皇帝做始祖）、朱元璋和朱棣又因各自“功业甚伟”均获取了百世不祧的待遇，所以明世宗登基时太庙里的九位先皇神主分别是：
明德祖朱百六（朱元璋五世祖）、明太祖朱元璋、明太宗朱棣、明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基、明英宗朱祁镇、明宪宗朱见深、明孝宗朱祐樘、明武宗朱厚照
注：此时朱元璋曾祖父明懿祖朱四九、祖父明熙祖朱初一、父亲明仁祖朱世珍的神主已分别被迁至祧庙。
而何渊说的“立世室”简单解释就是效仿西周文、武二王旧例，不仅需将献皇帝神主奉安太庙，还要给予百世不祧的待遇。献皇帝凭啥跟周文王、周武王相提并论？这马屁拍得实在是太过分了，朝堂的激烈反应可想而知。
世宗没搭理何渊的建议，但他借机下旨在太庙边上修建了祢庙并赐名为“世庙”，以奉安祭祀献皇帝神主。想必此时朝堂上下已明白了世宗的目的，让自己生父成为真正的“皇帝” -- 称宗祔庙。世宗的第二步把明德祖祧出太庙，方法是强调朱元璋的功业。
丙戌敕谕礼部曰：“朕惟郊庙之祀未有不同，所以尊事天地祖宗者也，惟太庙享祀制宜未称孝敬之情。仰惟朕太祖高皇帝重辟宇宙，肇运开基。圣德丰隆，神功伟盛。顾不得南面居尊，甚非所宜。当朕圣祖在御，固宜尊德祖居尊。其在今日，以朕圣祖居始祖之位，每岁孟春行持享之礼。自太宗而下并各居一幄而仍同日行礼 ……”
《明世宗实录·卷一百二十一》
世宗称太祖开创大明基业居功至伟，理应作为大明的始祖在太庙居中享受祭祀。但德祖的神位又怎么能居自己子孙之下呢？所以需要将明德祖的神位移至祧庙居尊享受祭祀。
为自己父亲在太庙腾出空位后，世宗没有直接下令将其神主移至太庙，而是等着臣子们主动递“枕头”。嘉靖十七年六月，致仕扬州府同知丰坊上疏朝廷，“孝莫大于严父，严父莫大于配天。请复古礼、建明堂。加尊皇考献皇帝庙号，称宗以配上帝。”
丰坊说的“明堂”是一种皇帝祭天的礼制，皇帝在祭祀时需要挑选一位先皇与他同祭。只是到明朝这种制度早已荒废，这位先皇怎么选有点说不清楚了。丰坊的意思是世宗应该依亲疏选自己的父亲，这也是一种孝的表现。其实真正的目的是同祭就需要给献皇帝加庙号，而有了庙号就能（也应该）进太庙。
世宗大喜，命礼部商议并尽快拿出方案。朝堂官员们虽然早已明白世宗的心思，但没几个人真正支持。所以礼部尚书严嵩也不敢直接表态，他劝世宗放弃迁献皇帝神主入庙的想法。理由是即便入庙最终还是会被祧出，不如留在世庙专享，“专庙之享亦足垂亿万世无疆之休矣”。
差不多同时，户部左侍郎唐胄上了道奏疏。他引经据典得出结论是明堂配享不是和当朝皇帝论亲疏，而是论功绩，“只以有功之祖配 ... 明堂之配不专于父明矣”。所以真的要复古礼的话，就应该选太宗文皇帝（朱棣）。
世宗虽大怒，但他也难以反驳唐胄的言论，只能继续“曲线救国”。他先表示文皇帝功绩是大，但可以用别的方式来补偿（改庙号为祖）。然后给唐胄扣了顶借古礼灭他们父子关系的帽子（把唐胄丢进了诏狱），最后派内侍问了严嵩一个将决定他人生的问题，“文皇帝谁之祖，献皇帝谁之父”。
知道无法继续捣糨糊的只得向皇权低头，站出来替世宗背锅。以礼部尚书的身份奏请尊太宗为祖，奉献皇帝祔太庙。随后世宗敕谕礼部，改太宗庙号为成祖，为献皇帝加庙号“睿宗”，谥“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭俭敬文献皇帝”。
至此世宗实现了让自己父亲“称宗祔庙”的愿望（辈分的原因睿宗神位位次在明武宗之上)，不过此事还没结束。
其实从严嵩的反应就能看出，朝廷上下是反对献皇帝“称宗祔庙”的。自己在时还能以皇权强压舆论和朝堂，自己驾崩后嗣皇帝还会不会费力去保呢？因此世宗觉得有必要在自己在位时再给自己父亲加几层保险，至少也不能给嗣皇帝迁祧太庙神主的机会。
嘉靖二十六年十一月十八日，世宗的第三任皇后方氏病故。世宗表现得非常悲痛，不仅谥为“孝烈”，还要求礼部以“元后”规格操办丧礼。
谕礼部曰： “皇后比救朕危，奉天济难。冀同膺洪眷，相朕始终。不意遽游，痛切朕情。其以元后礼丧之。”
《明世宗实录·卷三百三十》
世宗真的这么敬爱皇后么？从世宗前两任皇后以及数位宠妃的结局，真的很难得出这个结论。
世宗的原配陈皇后，因流产血崩而亡，且不说什么原因导致的流产，世宗给她的谥号居然是“悼灵”这样的恶谥。第二任皇后张氏，虽为后六年没什么恶行，但被世宗以“如此之妇，焉克承乾”这种近乎咒骂的理由，废后位并打入冷宫。
其实世宗扯这些的重点是“元后”，更准确地说他的重点是元后可享受的一项专属待遇“祔太庙”，即皇后神位配享太庙。
时任礼部尚书徐阶对此的答复是，建议世宗将皇后神位暂安于奉先殿，祔庙事宜留给子孙去处理。徐阶的理由有三个：
其一，此时太庙的九个位置已满没有空位了。其二，世宗本人还在世，没必要这么早就为大行皇后考虑祔庙事宜。其三，如果现在奉皇后入庙，则需先迁一位先帝神位去祧庙，让先帝为大行皇后让位，于礼有些不合（严格来说皇后不是入庙，而是袱她丈夫的神位）。
今太庙九室皆满，若以圣躬论，仁宗当祧，固不待言，但此乃异日圣子神孙之事 … 请于太庙及奉先殿各增二室，以祔孝烈，则仁宗可不必祧，孝烈皇后可速正南面之位，陛下亦无预祧以俟之嫌。
《明史·列传·卷二》
其实徐阶还有个没有直说的理由 – 不想让世宗“预祧”。
世宗让孝烈皇后入庙，其实是想让孝烈以他的名义去“占位置”。而提前占位置的目的，是现在就把他将来入庙祧神主的事情给办了。免得到时候朝臣以腾位置为借口，把他父亲给提前迁出去。换句话也可以说徐阶是在为踢睿宗出太庙埋伏笔。
以明世宗的聪明怎么会看不出徐阶的意图，但他没有过于纠缠，而是和礼部达成“妥协”，将孝烈神位暂奉安于生母慈孝献皇后神主边上。但世宗同时要求内阁和礼部再想想更好的方案，并留下了一句话，“后位即朕之位序也”。
嘉靖二十九年二月孝烈皇后禫祭（除丧服之祭）后，世宗又再次询问内阁和礼部孝烈皇后的“祔太庙”事宜。徐阶等人哪有什么更好的方案，还是和之前一样捣糨糊试图拖下去。但有了之前“后位即朕之位序也”的铺垫，世宗就借机大发雷霆。
他怒骂内阁首辅严嵩和礼部尚书徐阶，“视朕犹闰位 … 尔等怀二之心牢至于今耶”，把孝烈袱庙的事情上纲上线为是不是承认他皇位合法性的问题。可以说世宗在用严嵩和徐阶的身家性命做要挟。严嵩是肯定当场“跪”，正直的徐尚书呢？他跪得也一点不犹豫。
阶等复会廷臣上言：“唐、虞、夏五庙，其祀皆止四世。周九庙，三昭三穆，然而兄弟相及，亦不能尽足六世。今仁宗为皇上五世祖，以圣躬论，仁宗于礼当祧，孝烈皇后于礼当祔。请祧仁宗，祔孝烈皇后于太庙第九室。”
《明史·列传·卷二》
嘉靖二十九年十一月，仁宗昭皇帝和诚孝昭皇后神位被移至祧庙第五室。当月十五日，祔孝烈皇后神主奉安于太庙第九室。
这样当嘉靖驾崩时，嗣皇帝就只需将他的神主奉安太庙第九室即可，不用去考虑移某位先帝神主给他腾位置了。而到了再后任皇帝时，又会因前朝的定制而不会轻易去祧睿宗了。
臣以为献皇祔会太庙，不免递迁。若专祀世庙，则亿世不改。乞敕廷臣博议，务求至当。
《明史·列传第一百三》
世宗驾崩后没几天，吏科给事中王治就建议明穆宗将睿宗给祧出去。如果世宗没耍小聪明提前做这些铺垫，他父亲怕是在太庙里待不长久（明朝覆灭时睿宗神位仍在太庙并已升至第三位）。