据台媒报道，有岛内博主声称，在当日上午他们记录到数架大陆航空公司的民航机经“非正常”航路，飞越金门本岛及马祖本岛上空，还有不少其他金马网友表示也看到了。而台民航部门也回应指出，当日下午确有数架民航机飞越两岛上空，高度并未进入台方所辖的“终端管制区域”，尚未影响到台民航飞航。并且台航管部门明确回复勿要进入“终端管制区域”，同时又将相关的资讯转知台湾军方。
此前大陆就已宣布，为压缩“台独”空间，要逐渐收回自己的权利，并在厦金水域开展执法。此次民航机飞越金马上空，就是对“台独”势力发出的又一实际警告。在今年四月份，大陆民航局就宣布正式启动M503航线，自西向东运行。这不仅有利于满足东南沿海地区的航空运输发展需求，也提高了航班的正常性。当时国台办也表示，取消M503航线的飞行偏置措施后，提升了相关空域的运行效率，保障飞行安全，对于两岸同胞都有利。
大陆此举进一步抹除了所谓“台海中线”，压缩了台当局的预警时间，因此遭到了民进党当局的反对。当时台当局就表达了“强烈的抗议”，声称此举会破坏台海的和平稳定。而且大陆在开通之时未和台当局沟通，是不尊重台湾。因此要求大陆立即停止相关决定，否则就要承担“严重的后果”。后来为了报复，台当局还宣布禁止台湾旅游团前往大陆，进一步阻碍了两岸的交流和沟通。台民航部门也声称，此举会“严重影响台湾空域的飞行安全”。相关航线紧邻金门和马祖，双方空域的间隔会变小。
其实早在2015年，大陆就打算启用M503等新航路。但由于航路靠近台北的所谓飞航情报区，遭到台当局的抗议。但当时岛内由国民党马英九执政，两岸关系较为稳定，因此大陆方面让步延后启用相关航线。可今非昔比，民进党执政多年来，不断阻挠两岸交流沟通，推进各种“台独”政策，甚至还积极拉拢美日等国联手对抗大陆。当前两岸关系已经明显恶化，大陆多次警告，民进党当局仍然一意孤行。因此，大陆就不需要再迁就台当局，损害自己的利益了。
台当局之所以反对，主要就是从军事方面考虑的。M503紧贴台湾海峡“中线”，距离台北的飞航情报区边界约4.2海里。有岛内的军事专家指出，大陆当前有很多战机越过“中线”逼近台湾，如果民航机和战斗机混在一起情况更为复杂。即便是应对民航机的飞行，仍然会增加台湾的空防压力。例如变化的飞行活动，需要台湾进行更加细致的情报分析。而台军的防空部队，也需要以更加灵活和高效的方式应对挑战。整体来看这将增大台湾防空任务的复杂性，因此台防务部门也表达了反对。
但两岸本属一中，大陆根本就不承认台海“中线”的存在。回顾当年台湾掌握空中优势的时期，台军战机更是无视“中线”，直接深入大陆进行侦查和挑衅。相较而言大陆近年来为威慑“台独”势力，只不过是在逼近台岛行动，远没有当年台军那么激进。况且大陆一直希望两岸能够和平统一，之所以升级在台海的军事活动。也是因“台独”及外部反华势力挑衅而起的，这恰恰起到了维护台海和平稳定的作用。尽然当前民进党持续推进“台独”，大陆就不需要再持续让利了。