Morris水迷宫由圆形的水池、可移动位置并隐藏在水面下的平台、图像自动采集处理系统组成。水迷宫水池直径大鼠多为160～180cm，小鼠为100～120cm，高度均为50cm。平台直径大鼠12cm，小鼠6cm，高度30cm，表面粗糙;国外文献所用水迷宫水池直径大鼠为180～200cm，小鼠为100～150cm，高60cm，平台直径大鼠为10cm，小鼠5cm，高度30cm。训练强度相同的情况下，水池的大小是动物学习记忆的重要因素。过小的水池使动物爬上平台的偶然性增加，任务难度减小。过大的水池则会增加游泳路径，体力消耗过大，爬上站台的概率减少。推荐水池大小:大鼠180cm，小鼠120cm。水池划分为东南西北4个象限，象限池壁圆弧中点为可选的动物入水点，平台可放在任意一个象限内(多见SW象限)。图像采集分析系统记录动物游泳轨迹数据用于指标的提取及分析。
实验环境
这里包括试验设备所处的环境和实验动物游泳环境。一般Morris水迷宫硬件设备应固定放置在有水源、光线均一、安静的环境，这样可减少外界环境干扰所引起的实验误差，保证实验结果的准确性。
动物完成Morris实验需要一定的水温、光源及外界固定的参照物。水温要求恒定，大鼠的水温控制在(25±1)℃;小鼠的水温则一般在21℃～22℃最宜，国外的文献报道温度在19℃～22℃范围时大鼠的游泳状态最佳。水温对实验结果的影响很大，水温过低会导致动物体力消耗过大，使其游泳成绩变差或出现应激反应，如出现腹泻，抽搐等;而水温过高，Morris水迷宫水池则成为天然“浴盆”，动物出现漂浮不动的现象。实验环境的光源保证水池水面上的光线要均一，避免光线在水面上形成有锋利转角折线，从而干扰动物游泳轨迹。保证光线均一的方法是在水池周围安放布帘或照明灯，新型的水迷宫设备在这方面已经进行了周密的设计。水中加入牛奶或者无毒染料及黑色背景的布置都是为了视频追踪的需要。黑色背景建议使用。
参照物包括实验室的设备、仪器、工作台、桌椅、门窗和灯具等陈设和实验操作人员，这些都可能被实验动物看见并成为参照物为动物提供空间参考，被称为迷宫外暗示。这些参照物如果变动会影响实验结果，因此，实验中要保持这些参照物的前后始终一致，特别是实验操作人员所处的位置。
实验操作及注意事项
Morris水迷宫用来检测动物的空间学习记忆能力，经典的实验操作包括定位航行、空间探索，这是最常被选用做动物学习记忆评价的基本步骤；动物休息若干天后，可用同样的方法进行定位航行和空间探索测试，来判定动物空间记忆的保持和再现能力；空间搜索试验后24h将站台移至对位象限，进行对位训练和对位探索试验，也称附加实验，可以考察动物的工作记忆。
操作方法
定位航行实验也称获得性训练：动物先移入实验环境适应1w，实验第1天将鼠放入水池中自由游泳60～120s以适应环境，为了避免时间过长消耗过多体力，一般小鼠60s，大鼠120s。第2天起将平台置于某一象限，进行获得性训练，每日4次，4个不同的象限各一次，面向池壁将动物放入水中，Nature Protocols推荐每次实验间隔时间15s，共训练4～5d，实验观察发现，定位航行实验可根据动物状态确定每天游泳次数，游泳次数过多会消耗动物体力导致数据失真。动物找到平台后一般在平台上休息10～15s，若规定时间内找不到平台，则由操作者将其引导上平台，在平台上休息相同时间，再进行下一次实验。若动物未充分休息再次跳入水中则需将其重新放回站台重新计时。
空间探索实验：定位航行实验结束24h后，撤除水下平台，任选1个入水点将动物面向池壁放入水中，所有动物必须在同一入水点，记录动物在规定的时间内(一般为60s)第一次跨越平台时间、跨越平台次数等指标。
附加实验：包括反向空间实验和二次反向空间加缩小平台实验，将平台放在与原先平台呈180°的位置进行获得性训练，24h后进行空间探索实验，称反向空间实验。再次将平台放回原来象限并缩小平台重复上述实验(平台面积可缩小至5cm)，称二次反向空间加缩小平台实验。这些实验增加了实验难度，用于考察动物的再学习能力、学习记忆的精准度或者工作记忆。近年来国外该项实验做的相对较多，国内还很少做。
操作中注意事项
时间的控制
定位航行的天数一般控制在4～5d，特别学习记忆障碍的年老体弱动物时间控制更重要，体能过度消耗会给实验结果带来的误差。每次训练的时间以60s为宜。有资料显示，60s找不到平台的大鼠，延长时间也很难找到，且时间过长会消耗动物更多体力。空间搜索一般为1d，将动物置于水池中搜索60s，这样的过程可以重复一次。此外，每天测试时间一致可消除不同时间动物反应性差异引起的数据波动。
平台设定及定标
平台一般放置在第三象限(SW)，位置尽量远离池壁边缘，避免鼠环绕池壁游泳触及，导致非记忆性上台。大鼠游动致水面波动常使平台移动，平台移位可致大鼠上台却无法自动停止数据采集，所以注意保持平台位置固定。目标区域定标要用和鼠颜色相近物体定标，定标物应将整个平台覆盖，否则也会出现鼠上台数据采集无法停止，从而影响实验数据的准确性。
实验动物选择
不是所有鼠都适合水迷宫实验，小鼠中KM、SAM小鼠由于基因库大，杂交率高，个体差异大，存在不上台或引导上台后再次入水的情况。近交系BALB/C小鼠几乎不能学会游泳，因而不能用于水迷宫，ICＲ小鼠、SD大鼠和Wistar大鼠是常用于水迷宫的实验动物，而且雄性多于雌性。此外，一次实验动物的性别、体重、品系、周龄等应保持一致，以减少数据的偏差。
控制实验应激
控制实验条件的一致性即可有效控制实验应激。在动物体重、品系、周龄等一致的前提下，保持水池温度均一，建立实验操作人员和动物的熟识度，保持实验室环境及其物品陈设不变，可有效控制实验动物的应激。保持安静的实验环境，保持操作人员的体味不变也需要关注。对于需要实验前给药，建议给药操作和水迷宫操作者一致，这样也可以很好地建立实验操作者和动物的熟识度，减轻操作引起的应激。悬尾可显著影响鼠的空间学习及记忆能力，从水中取鼠操作中，悬尾还可能导致水抢入呼吸道引起应激。实验中要避免鼠的悬尾状态。
其他
实验中光线要保持均匀可以消除伪迹，新型的水迷宫设备水池四周装一黑色、浅蓝色或者白色的遮光帘，这样即可以将光的影子挡住，又可以减少外界空间参照物不确定性对实验结果产生的影响。水迷宫实验对衰老引起的记忆减弱敏感，但用老年鼠进行实验时，应确认鼠的游泳能力降低不影响实验结果。
实验数据及统计处理
Morris水迷宫实验的数据众多，如何选择有意义的指标作为评价动物学习记忆水平变化的依据，是实验获得正确可靠结论的前提。选择恰当的统计方法对数据进行处理则为实验结论的获得提供佐证。
Morris水迷宫实验的指标包括：持续时间(潜伏期)、总路程、平均速度、四个象限的时间和路程、初始角、外环区域路程、中环区域路程、中心区域路程、第一次穿越平台时间及穿越次数、搜索策略等。每个指标的意义各不相同。
潜伏期和总路程：潜伏期是Morris水迷宫定位航行阶段的重要指标，是动物每一次入水后第一次成功找到平台所需的时间。它的长短也代表着动物空间学习记忆能力的好坏，潜伏期短，预示着动物的学习记忆能力好。潜伏期和动物游泳速度也有关，若正常大鼠游泳速度慢，潜伏期会比痴呆组动物长而影响结果。某些动物放入水中后会左右观望打圈，或者原地不动确定方向后直接游到台上，观察到这种现象，说明动物记忆力好，也有动物原地不动致潜伏期延长，因此，实验中应注意观察动物的游泳状态，以便综合判定实验数据。潜伏期也是空间搜索实验的第一次跨越平台时间。总路程是动物第一次上台前总的运行路程，和潜伏期同样是重要的评价指标。可单独应用或以平台象限路程/总路程作为评价动物学习记忆的指标。
四个象限时间和路程：平台所在象限的时间和路程是评价动物学习能力的指标，动物在这个象限活动的时间和路程越长，反映了动物的空间记忆能力比较好。平台象限时间/潜伏期或平台象限时间/第一次跨越平台时间、平台象限路程/总路程也是较好的评价动物学习记忆的指标。其他仅作为参考。
外环区、中环区、中心区路程：啮齿类动物游泳有绕边性或边缘性，站台远离周边靠近水池中心，如果动物改变了游泳路线，在水池中心区域内活动的路程长的话，反映其空间记忆能力好，反之则说明空间记忆力差。有些系统则同时给出不同区的时间和路程，各区时间和路程与总时间或总路程的比值可作为定位航行和空间搜索阶段的共同指标。
穿越平台次数：是空间搜索实验的重要指标，即在撤去平台后，在一定的时间内，实验动物穿越原站台位置的次数。动物穿越原站台位置的次数越多，说明其空间学习记忆能力越好。平台较小或者水池较大的时候，计算机有时亦会发生漏计的情况，因此实验中也要注意观察。
初始角-弧度：指在将实验动物放入水池后，动物的运动轨迹的起始点的切线与起始点和站台中心连线之间的夹角;如果初始角的角度越小，说明动物记得站台的位置，直接向站台方向游，反映空间学习记忆能力比较好。但该指标和学习记忆的相关度较弱。
搜索策略：大鼠寻找平台的方式大致可分为四种:边缘式、随机式、趋向式及直线式。不同的搜索方式代表大鼠以不同的策略寻找平台，正常动物的搜索策略随着训练次数的增加而呈现“边缘式→随机式→趋向式→直线式”的变化规律。痴呆动物的搜索策略会发生异常变化。比如只有边缘式→随机式，或者随机式→边缘式，趋向式和直线式比较少见。
Morris水迷宫实验的指标众多，目前国内采用最多的是定位航行实验的潜伏期、总路程和空间探索实验的穿越平台次数、平台象限路程/总路程、平台象限时间/总时间。有资料显示平台象限路程/总路程、原平台象限时间/总时间、总路程更可靠。有研究者认为每天第一次入水的结果更能显示组间差异，或者以训练后几天数据的平均数进行统计。基于相关研究，作者认为对于获得性训练阶段的数据，作者可以计算每只动物经过一段时间学习后某一天或几天数据均数，甚至可以计算每只鼠学习阶段的全部数据的均数，然后进行组间比较，这样要比单独某一次的数据更能反映动物总体学习情况和学习成绩。关于统计方法，认为Morris水迷宫实验属重复测量设计，获得的数据受动物组别、检测时间点等多个效应因子影响，同一受试动物不同时间点所测得的数据存在高度的自相关性，且存在截尾数据(最大潜伏期)。因此，对Morris水迷宫中各种数据应采用重复测量数据的多因素方差分析结合截尾数据的生存分析方法较为恰当。Morris水迷宫获得的数据虽然属于重复测量数据，涵盖时间、处理因素以及处理因素和时间的交互效应的影响，但在实验设计和操作中进行组间非处理因素的均衡，当分析目的仅针对结局或某个时间点的组间效应比较时，而不是考虑不同组间的时间点连续变化趋势差异，可以对点数据(某天或某次)或者学习阶段每只鼠全程数据平均值(作为最终学习成绩)，进行组间单因素方差分析比较，和采用重复测量数据的多因素方差分析得出的结论一致。
定位航行和空间搜索两个阶段是Morris水迷宫的经典方法，应严格遵循操作程序及注意事项。附加实验一般难度增加，是否进行取决于实验目的，难度增加的任务对动物轻微认知障碍的检测更为敏感。需要更精确检测动物认知功能时可以选择。实验动物经过一段时间的学习后，其学习成绩会稳定在某一水平，因此，学习的时间延长不会提高实验质量和效率，反而会加重实验负担。关于指标选择上更多建议多个指标联合使用，以免指标过于单一造成实验偏差。无论采用什么统计方法、选取哪次实验的数据，控制好影响动物游泳状态的相关注意事项，获得稳定可靠的实验数据是获得正确结论的基础。