腹水游离DNA助力识别卵巢癌变异与肿瘤进展。
随着对卵巢癌精准治疗领域探索的持续深入，获取准确且与临床实践紧密关联的分子特征分析变得更为重要。恶性腹水，作为晚期卵巢癌患者普遍存在的病理现象，其内含丰富的细胞外游离DNA（cfDNA），是一种非侵入性的易于获取的肿瘤生物学样本来源。腹水液作为一种理想的液体活检媒介，展现了替代传统组织活检进行分子特征深入分析及推动精准医疗实践的巨大潜力。2024年美国临床肿瘤学会（ASCO）大会公布的一项研究旨在识别腹水样本中具有显著临床意义的遗传变异，并通过对比分析疾病发展过程中不同时间点的匹配样本，深入探究肿瘤的动态进展（摘要号：5547）[1]。本文特将研究重点梳理如下，以飨读者。
收集一组连续腹水来源cfDNA样本（来自15名参与者的26个样本，间隔范围为13-559天），这些样本来自于卵巢癌（包括透明细胞癌和高级别浆液性癌，患者年龄36-82岁）患者。使用Illumina TSO-500试剂盒对样本进行测序，同时对腹水来源的肿瘤细胞（n=5）和手术存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织（n=5）中的匹配DNA进行了测序。使用Oxford Nanopore Technology R9.4.1 MinION对1名患者的cfDNA进行了无聚合酶链式反应（PCR）测序分析。
相较于FFPE样本和腹水细胞中提取的DNA，cfDNA在肿瘤纯度、变异检测以及参考序列比对方面表现出相似的性能，同时展现出更高的覆盖率。在cfDNA样本中，所有（100%）样本均检测到了与卵巢癌相关的体细胞驱动突变，且这些突变的突变分数高达0.9 MAF（等位基因频率）。在腹水cfDNA分析中，识别出了3例已经证实的BRCA1/BRCA2体细胞突变病例，其中2例患者的腹水样本是在手术前100天甚至更早时收集的，这一发现让获取肿瘤组织信息的时间得以提前，并加速了PARP抑制剂治疗方案的制定与实施。通过对大规模基因组变异、杂合性缺失及肿瘤突变负荷的综合分析，确定了6例展现出高度基因组不稳定性的病例，其中4例涉及BRCA1和BRCA2基因的突变。在连续收集的腹水样本中，观察到拷贝数谱的动态变化，在10名参与者中，有6名参与者的亚克隆流行率的动态变化超过10%。此外，在1名参与者中，观察到在间隔性减瘤手术与疾病复发之间的时间段内，Chr17p13.1区域发生了选择性缺失，同时Chr8q受到染色单体碎裂的影响，进而导致临床上相关的TP53和MYC基因变异随时间发生了显著的演变。在cfDNA的测序结果中，尽管未检测到人为引入的单碱基替换特征，但在5个FFPE样本中，有2个样本的测序数据却显示出了超过20%人为因素导致的变异。
本试验验证了利用腹水中的cfDNA进行分子特征分析的可靠性，在卵巢癌的诊断中，当肿瘤组织获取受限时，可以使用这种方法进行液体活检。该方法提高了肿瘤样本的可及性，使得在手术前或疾病复发阶段，能够精准捕获具有临床意义的基因突变，进而实现对肿瘤动态进展的有效追踪。
在过去的三十多年里，随着对cfDNA这一生物标志物的研究持续深入，研究发现其广泛存在于血液、尿液、胸水及腹水等多种体液中，展现出在医学诊断领域的巨大潜力[2]。目前，cfDNA已成为检测特定癌症，如携带EGFR突变的非小细胞肺癌的重要手段[3.4]。然而，在腹水这一体液中cfDNA的特性和应用价值，尽管研究相对较少，却逐渐显露出其独特优势。针对胃癌或结肠癌，已有研究表明腹水中能够检测到cfDNA的存在[5.6]。一项对10例卵巢癌患者的深入研究中，在匹配的肿瘤组织及腹水中识别出9例具有体细胞致病变异的样本，这一发现为cfDNA在卵巢癌诊断中的应用开辟了新途径[7]。此外，另一项针对18例卵巢癌患者的研究进一步证实了腹水中cfDNA的高浓度特性，并发现与直接从肿瘤细胞中提取的DNA相比，腹水中的cfDNA展现出了更高的变异丰度[8]。这些研究结果提示，来自晚期卵巢癌患者的腹水cfDNA或可作为一种替代性的液体活检方法，为深入描绘卵巢癌的基因组图谱提供有力支持。
[2].Tivey A, et al. Circulating tumour DNA - looking beyond the blood. Nat Rev Clin Oncol. 2022 Sep;19(9):600-612.
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[4].Pascual J,et al. ESMO recommendations on the use of circulating tumour DNA assays for patients with cancer: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol. 2022 Aug;33(8):750-768.
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[8].Werner B, et al. Cell-free DNA is abundant in ascites and represents a liquid biopsy of ovarian cancer. Gynecol Oncol. 2021 Sep;162(3):720-727.
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