从20世纪60年代开始，张卓元就深入展开对价格问题的研究。1983至1993年，他担任中国社会科学院财贸经济研究所所长，集中研究价格改革，主张从根本上改革传统的行政定价体制，转向市场价格体制。
归纳新中国经济学研究的70年的进展和创新，张卓元认为主要体现在八个方面：
第一，在马克思主义基本原理指导下，努力探索中国自己的社会主义建设道路，并在改革开放过程中确立了社会主义初级阶段理论，开辟和形成了唯一正确的中国特色社会主义道路和制度，找到了最有效的社会主义现代化建设道路。
第三，所有制理论取得重大突破，确认公有制为主体，多种所有制经济共同发展，平等竞争，股份制和混合所有制是公有制的有效实现形式。
第四，分配理论取得重大创新，确认按劳分配为主体，劳动、土地、资本、技术、数据、管理等生产要素按贡献参与分配，明确坚持走共同富裕的道路。
第五，国民经济从封闭、半封闭走向开放，以开放促改革、促发展，“引进来”与“走出去”相结合，建设高水平开放型经济新体制，逐步形成顺应经济全球化的对外开放理论。
第六，经济增长与发展理论越来越受重视，从提出“四个现代化”、发展是硬道理、发展是第一要务、科学发展观到新发展理念，不断深化和与时俱进。
第七，构建中国特色社会主义政治经济学的“四梁八柱”。
第八，经济学方法重大革新，注重创新，紧密联系实际，充分吸收现代经济学有用成果，重视实证研究和数量分析，积极提出各种对策建议。