在逃亡的途中,约拿乘坐的船遭遇了猛烈的风暴,船上的水手们惊慌失措,开始祈祷各自的神明,并且抛弃货物来减轻船的重量。当他们发现约拿在船舱里熟睡时,便将他唤醒,要他祷告他的神,以期风暴停止。约拿意识到这是由于他违抗了神的命令,便告诉水手们将他扔进海中,以平息风暴。水手们起初不愿意这样做,但风暴愈加猛烈,他们最终照做了。
当约拿被丢入海中,风暴立即停止,而约拿却被一条神安排的大鱼吞了下去。在鱼腹中,约拿待了三天三夜。他在鱼腹中祈祷,向神悔改,并承诺遵循神的旨意。
神听到了约拿的祈祷,命令大鱼将约拿吐到岸上。于是,约拿被大鱼吐到了干地上。他得救后,再次接到神的命令,这一次他顺从了神的旨意,前往尼尼微,警告那里的人民。如果他们不悔改,40天内城市将被毁灭。最终,尼尼微人听从了约拿的警告,进行了彻底的悔改,神因此怜悯他们,撤销了对城市的惩罚。